中科院分子生物学实验室《自然》子刊提出蛋白组学方法验证

　　

生物通报道：来自中科院上海分子生物学国家重点实验室，以及中科院上海生化与细胞研究院蛋白组分析中心等处的研究人员在11月《Nature-Genetics》杂志上的一篇Correspondence比较分析了检测小鼠基因组外显子的蛋白组学和芯片这两种方法，提供了外显子研究方面的大量数据，也为相关的研究人员提供了方法学指导。文章联系人为中科院上海生化所吴家睿。

原文：
Nat Genet. 2006 Nov;38(11):1223-1224. Links 
Comparison of a proteomic approach with a microarray-based approach to detect exons in the mouse genome.Sheng QH, Wang LS, Dai J, Jiang XS, Li RX, Ma DJ, Li YX, Zeng R, Wu JR. 

去年Frey, B.J.等人预测了114万小鼠基因组外显子序列，其中155,839个序列是通过外显子芯片方法和GenRate运算法则识别的。在这一基础上，中科院分子生物学实验室等处的研究人员挑选了74,377个多肽进行了蛋白序列和假设外显子的直接比对。并且为了简化这一比较，研究人员筛选了Frey的1,123,691个外显子全部的三种positive-strand结构，从中理论性的翻译了6,949,321个假设多肽——包含至少6个氨基酸。

（mass-identified多肽与由小鼠基因组外显子芯片得来的外显子比较）

最后研究人员发现以质谱技术为基础的蛋白组学分析方法与以芯片技术为基础的分析方法在检测外显子方面结果基本一致，而且其中的蛋白组学方法可以用于直接检测通过gene-mining运算方法预测的外显子，也被证明了可以成功用于检测高丰度外显子。

 

附：
吴家睿


1982年毕业于广州中山大学生物系；1985年在中科院遗传研究所获硕士学位；1994年毕业于瑞士苏黎世联邦理工学院，获博士学位。1994年10月在纽约州立大学卫生科学中心做博士后。1997年10月到中科院上海生物化学研究所从事分子生物学研究工作，任研究员，博士生导师。 

在国外留学期间，吴家睿主要从事细胞周期与DNA复制起始调控机理的研究工作。

他主要的工作是，发现在高等真核生物细胞周期的G1期中,存在一个DNA复制定点起始的调控点。这个点被称“DNA复制起始位置决定点”。这一发现于96年刊登在<<Science>>上。这个新的细胞周期调控点首次把细胞周期调控与DNA复制的起始控制机制联系了起来。此外，吴家睿用药物处理哺乳动物细胞，获得了世界上首例没有DNA复制起始位置决定点的体细胞，为研究DNA复制起始调控在细胞周期中的功能开拓了一条新的途径。吴家睿在国外留学期间已发表论文9篇；其论文的SCI 引用近百次。
目前吴家睿在生化所从事细胞周期调控，细胞凋亡和DNA 复制起始机制等方面的研究。

现在负责的科研项目有：中科院的“****”，中科院特别支持项目，中科院上海分院择优支持项目，国家自然科学基金面上项目以及国家教委留学回国人员科研资助项目。他还参与了中科院人类基因组计划。
（生物通：张迪）