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浙大本科生在《生物信息学》杂志发表论文
【字体： 大 中 小 】 时间：2006年11月06日 来源：生物通
编辑推荐：
浙大本科生在《生物信息学》杂志发表论文
生物通综合：
在国际权威杂志《生物信息学》编辑部发展论文，这对生物信息学领域的很多教授来说都是件梦寐以求的事，而浙江大学生命科学学院生物信息学本科生陈晓辉、宁开达，用他们的论文《BNArray：基于贝叶斯网络构建生物芯片基因调控网络的R语言包》叩开了这一权威杂志的大门。
浙大有关部门负责人介绍说，《生物信息学》是国际生物信息学科最顶尖的杂志，其SCI影响因子大于6，这是浙大以在读本科生为第一作者发表的影响因子最高的论文。据了解，一本学术刊物影响因子达到3就已经比较高了。
陈晓辉和宁开达分别是浙大2002级、2003级的本科生，陈晓辉今年已毕业。现读大四的宁开达告诉笔者，这是他们在去年7月启动的一个课题。这篇论文的主要内容是对大规模基因芯片的数据进行基因调控网络的预测和构建，基于贝叶斯网络方法，改进了相关的算法，并编写了一套R语言程序，通过运行这套程序进行数据分析，可以得到多个基因之间的调控关系。而按照传统的处理方法，只能得到单个基因之间的调控关系。两位学生的导师陈铭教授告诉笔者，研究多个基因之间的调控关系是当前生命科学研究的趋势和热点。
宁开达回忆起一年多来的科研经历非常感慨，她说，搞科研很辛苦，我们查阅了近百篇国内外文献，特别是外文原著了解最新进展，并启发和开拓思维，然后进行酝酿、讨论、总结，一有新的想法，马上到陈老师的实验室进行研究，编写程序，然后进行反复的调试、修改漏洞。陈铭老师说，本科生也要敢于去做前沿的科学研究，他们能发表这么高水平的论文，一方面得益于他们两人非常扎实的学科基础，另外两人在研究上也非常努力。
对于这个课题的未来，宁开达说，这个R语言程序包是一个用于科研的程序，打算无偿开放，供科学研究使用。目前已经有一所美国高校的教授和他们接触过，希望能使用这个程序包来辅助进行生物芯片研究。
据了解，浙大生命科学学院的每一位本科学生都有研究项目立项，其中70%到80%的学生为项目主持。学院鼓励本科生参与教师的科研工作，提倡教授亲自指导本科生，并向本科生开放实验室。
指导老师简介：
指导老师简介：
陈铭
副教授
浙江大学
生命科学学院
主要研究领域：生物信息学，系统生物学
电话: +86 571 86971616
传真: +86 571 86971739
电子信箱: mchen@zju.edu.cn
个人经历
2005.3-: 浙江大学生命科学学院
2004-2005.3: 德国Bielefeld大学生物信息学博士后工作
2001-2004: 德国Bielefeld大学生物信息学博士研究生院，获生物信息学博士学位
2000-2001: 获德国Sachsen-Anhalt州科学和艺术部政府奖学金，自费留学Magdeburg大学计算机学院，攻读生物信息学博士学位，后转入德国Bielefeld大学生物信息学博士研究生院
1998-1999: 硕士毕业留校任教于浙江工业大学生物与环境工程学院
1995-1998: 浙江工业大学，生物化学工程专业，硕士研究生
1991-1995: 浙江工业大学，生物化学工程专业本科，后免试直升进入硕士研究生阶段
最近发表论文
1. Ming Chen, Ralf Hofestaedt (2006) Prediction and Alignment of Metabolic Pathways. In Binformatics of Genome Regulation and Structure II (Nikolay Kolchanov ed.), pp.355-365.
2. Ming Chen, Ralf Hofestaedt (2005) A Medical Bioinformatics Approach for Metabolic Disorders: Biomedical Data Prediction, Modeling and Systematic Analysis, Journal of Biomedical Informatics, in press.
3. Ming Chen (2005) Systems Biology Brings Life Sciences Closer, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 3(3): 194-196.
4. Ming Chen, Andreas Freier, Ralf Hofestaedt (2005) Bioinformatics Approaches for Metabolic Pathways. In Handbook of Genome Research (Christoph W. Sensen ed.), pp.461-490.
5. Ming Chen, Ralf Hofestaedt (2005) An algorithm for linear metabolic pathway alignment, In Silico Biology, 5(2), 111-128.
6. Ming Chen, Ralf Hofestaedt (2004) PathAligner: Metabolic Pathway Retrieval and Alignment, Applied Bioinformatics, 3(4), 241-252.
7. Ralf Hofestaedt, Ming Chen (2004) Metabolic Pathway Prediction/Alignment, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2004), July 25-30, 2004, Novosibirsk, Russia, Vol. 2, 68-72.
8. Ming Chen, Ralf Hofestaedt (2004) Web-based Information Retrieval System for the Prediction of Metabolic Pathways, IEEE Transactions on Nanobioscience, 3(3), 192-199.
9. Ming Chen, Susana Lin and Ralf Hofestaedt (2004) STCDB: Signal ransduction Classification Database. Nucleic Acids Research, 32(1), D456-D458.
10. Ming Chen and Ralf Hofestaedt (2003) Quantitative Petri net model of gene regulated metabolic networks in the cell. In Silico Biology, 3(3), 347-365.
11. Ming Chen, Andreas Freier, Jacob Koehler, Alexander Rueegg (2002) The Biology Petri Net Markup Language. In: Juerg Desel, Mathias Weske (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics - proceedings of Promise'2002, Oct. 9-11, 2002, Potsdam, Germany, Vol. 21, 150-161.
12. Ming Chen (2002) Modelling and Simulation of Metabolic Networks: Petri Nets Approach and Perspective, Proceedings of the 16th European Simulation Multiconference (ESM'2002), June 3-5, 2002, Darmstadt, Germany, pp: 441-444.
full publications
科研项目情况
1. 德国DFG项目：MARG - Modelling and Animation of Regulatory Gene Networks.
2. 德国BMBF项目：CELLECT – Cellular eucaryotic proteome-code deciphering technology
3. 国家教育部“春晖计划”合作项目：“内蒙古生物资源信息系统”
4. 国家自然科学基金项目（30500106）：水稻(Oryza sativa)磷代谢网络的预测重建及其系统生物学的研究
