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本期PNAS重点文章:基因组预测新方法
【字体： 大 中 小 】 时间：2006年10月19日 来源：生物通
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来自南加州大学，以及威斯康辛大学遗传与化学系分子与计算基因组实验室的研究人员获得了一种数学运算来处理限制性内切酶图谱技术得到的大量数据，这一研究提高了人类基因组测序的能力，并将提供了一种比传统DNA测序法快速和高性价比的新工具。研究成果公布在10月16日《美国国家科学院院刊》PNAS杂志上。
生物通综合：来自南加州大学，以及威斯康辛大学遗传与化学系分子与计算基因组实验室的研究人员获得了一种数学运算来处理限制性内切酶图谱技术得到的大量数据，这一研究提高了人类基因组测序的能力，并将提供了一种比传统DNA测序法快速和高性价比的新工具。研究成果公布在10月16日《美国国家科学院院刊》PNAS杂志上。
链接：
Published online before print October 16, 2006
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 10.1073/pnas.0604040103
An algorithm for assembly of ordered restriction maps from single DNA molecules
[Abstract]
单个DNA分子可见图谱（optical mapping）限制性内切酶图谱可以帮助汇编哺乳动物和植物基因组物理图谱（physical maps），但是目前未经计算机处理的方法需要重新定位。
来自南加州大学，以及威斯康辛大学的Michael Waterman研究小组最近发展了一种数学运算来处理限制性内切酶图谱技术得到的大量数据。这种运算法则，可被用于人类基因组，文章第一作者Anton Valouev表示：“这为医学应用提供了极大的便利，特别是寻找基因组异常方面。”
可见图谱技术是上世纪90年代末由Wisconsin-Madison大学化学和基因学教授David Schwartz发明的，这种技术能检测基因组的大小和大尺度的结构。它利用荧光显微镜对用酶分离的单个DNA分子成像。对大量DNA成像后，就可以得到基因组图谱了。
可见图谱技术缺少基因组序列的微小细节，但是这可以用其它手段补偿。基因学家常说99.9%的人类DNA是一致的，但有时我们会发现一些区域有很大的改变。这些改变包括大片基因结构的缺失或多余。癌症基因就具有这样的特征。
作者之一的Philip Green说：“这很难被传统方法检测到。”而可见图谱技术可以得到基因组的长度，以及快速检测结构和长度上的差别。将以上结果和正常基因组比较就能知道变异是否发生。
（生物通：万纹）
