JGI科学家完成第一种甲壳类动物鸟枪法测序

　　

生物通报道：来自纽约1月19日的消息，联合基因组研究院（Joint Genome Institute，JGI）和印第安纳大学联合宣布已经完成了一种水蚤（Daphnia pulex）的鸟枪法测序（shotgun sequence）。

基因测序“鸟枪法”，也俗称“霰弹法”，即先将整个基因组打乱，切成随机碎片，然后测定每个小片段序列，最终利用计算机对这些切片进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。
“鸟枪法” 优点是速度快，简单易行，成本较低，最初主要用于测定微生物基因组序列。近年来，美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作，证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。

此次完成的Daphnia pulex测序，是第一个获得序列信息的甲壳类动物，包括12条染色体、2亿碱基对。研究人员对这些序列进行了8次核对，确认无误后将公开这一数据。JGI进化基因组学部主任Jeffrey Boone表示，此次测序结果将有利于进一步的研究环境对于遗传学的影响，以及根据昆虫进化的途径推断陆地情况变化。

附：Daphnia pulex（水蚤、鱼虫、红虫、苍虫）是一种小型的甲壳动物，半透明状，黄棕色或淡绿色。壳瓣背侧有背棱,背缘与腹缘后端部分及壳刺上被有小棘，壳刺长度适中，约为壳长的1/5～1/3。
（生物通记者：张迪）