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JGI科学家完成第一种甲壳类动物鸟枪法测序
【字体: 大 中 小 】 时间:2006年01月24日 来源:生物通
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生物通报道:来自纽约1月19日的消息,联合基因组研究院(Joint Genome Institute,JGI)和印第安纳大学联合宣布已经完成了一种水蚤(Daphnia pulex)的鸟枪法测序(shotgun sequence)。
基因测序“鸟枪法”,也俗称“霰弹法”,即先将整个基因组打乱,切成随机碎片,然后测定每个小片段序列,最终利用计算机对这些切片进行排序和组装,并确定它们在基因组中的正确位置。
“鸟枪法” 优点是速度快,简单易行,成本较低,最初主要用于测定微生物基因组序列。近年来,美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作,证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。
此次完成的Daphnia pulex测序,是第一个获得序列信息的甲壳类动物,包括12条染色体、2亿碱基对。研究人员对这些序列进行了8次核对,确认无误后将公开这一数据。JGI进化基因组学部主任Jeffrey Boone表示,此次测序结果将有利于进一步的研究环境对于遗传学的影响,以及根据昆虫进化的途径推断陆地情况变化。
附:Daphnia pulex(水蚤、鱼虫、红虫、苍虫)是一种小型的甲壳动物,半透明状,黄棕色或淡绿色。壳瓣背侧有背棱,背缘与腹缘后端部分及壳刺上被有小棘,壳刺长度适中,约为壳长的1/5~1/3。
(生物通记者:张迪)