新方法便利了细菌细胞中蛋白的确定

　　

生物通报道：约翰霍普金斯大学Bloomberg公共卫生学院的研究人员开发出了一种用传统的肽质量指纹谱（PMF，peptide mass fingerprinting）在微生物的完整细胞提取物中确定出特定蛋白的新技术。这种新方法的关键是准备样品简洁，从而使PMF更快更经济。通过降低蛋白质鉴定的成本，研究人员相信PMF能够成为一种监控和评估用于环境治理的微生物的效果的经济工具。

研究人员利用一种消化二氧(杂)芑的微生物来证明他们的这种方法的效果。这项研究的相关文章发表在5月的Applied and Environmental Microbiology上。

PMF通常需要复杂费力的样品制备。一种蛋白混合物需要先用凝胶电泳分离成个体的蛋白，然后将凝胶挖出并用蛋白质剪刀切成可测量的小片段即肽。接着用基质辅助激光电离吸附飞行时间质谱仪（MALDI-TOF MS）分析样品。

在新的研究中，Rolf U. Halden博士和同事阐述了用PMF和质谱如何在数百细胞蛋白中确定出一种独特的二氧(杂)芑降解酶的过程。这种技术通过诱使细胞大量生产研究人员想要分析的蛋白，从而避免了传统的精细的样品制备步骤。

Halden和同事利用Sphingomonas wittichii株RW1（目前仅知的消耗多氯二联苯戴奥辛和氧芴骨架的细菌）验证了他们的这项技术。研究人员已经知道给RW1喂食戴奥辛（dioxins）会导致一种在细菌消化典型污染物时水平同样上升的酶的增加。

他们的研究表明这种酶水平的增加在联合质谱的条件下，很容易被PMF确定出。这种方法简化了整个蛋白确定过程。利用新的工具，研究人员能够便利且快速地确定出污染物降解细菌和它们的影响污染物转化的特征蛋白（记者杨淑娟）。