Cell：革新性的基因相互作用研究方法

　　

生物通报道：一项新的分析基因相互作用的方法将改变研究人员在细胞动力生物学研究方面的目前面貌，这一来自加州大学的HHMI霍德华修斯医学院研究员Jonathan S. Weissman和他的同事，被称为epistatic mini array profiles (简称为E-MAP) 的方法可以找到已知基因的新功能、未知蛋白的功能，以及确定生化过程和蛋白质之间的相互作用。这一研究成果发布在11月4日的Cell上。

之前的分析基因（相互）作用的方法主要是利用点突变分析在酵母基因组中这些基因对于生长发育的影响，这种一对一的方法在研究初期确实起到了重要的作用，但是随着研究的深入，越来越需要系统性的，高通量的研究方法。因此Weissman和他的同事经过实验证明将目光聚集到了E-MAP方法上，这种方法可以帮助系统全面的了解细胞基因和蛋白是如何行使功能的，比如说利用这种方法可以对病人基因进行分析，这样就能更好根据病人的基因背景优化药物治疗了。

在E-MAP技术中包含了一个缩写为DamP的技术，DamP，即“decreased abundance by mRNA perturbation”。虽然研究一个基因的功能可以通过抑制被完全消除，但是许多基因同时被抑制就会导致酵母细胞的死亡，因此研究人员就想出了将mRNA活性周期减半的方法—mRNA是基因到蛋白的中间载体，在mRNA上引入突变，减少mRNA生活周期就可以降低蛋白的产量，这就叫做DamP。这种方法给了Weissman他们一个减少蛋白产量5倍到10倍的技术基础，但是接下来，Weissman又遇到了一个难题：酵母有6,000个基因，这就意味着有将近2千万个基因对需要研究。为了缩小这个范围，研究人员采取了一个称为neighborhood clustering的策略，这种方法可以将细胞内一个地方的基因“打包”研究，利用这种方法，Weissman他们分析了442个酵母基因，并确定了一个生物体早期分泌途径(见下图）。

（图片来自HHMI）

E-MAP方法除了在理论机理方面的研究，对诊断学、药物分析学以及癌症或者病毒药物治疗方面都大有帮助，目前研究人员希望能进一步完善这一方法，并尝试运用到人体上，让我们期待这一属于后基因组研究的重要发展吧。（生物通记者：张迪）