哺乳动物的基因功能预测

　　

生物通报道：据一篇发表在12月6日的Journal of Biology上的文章报道，利用一种高通量RNA表达模式分析方法能够快速、可靠地预测哺乳动物的基因功能。这种方法挑战了传统的认为组织特异性是最好的功能预测者的观点，并且可能使人们对人类和其它哺乳动物基因组了解所需时间缩短数十年。

多伦多大学的Tim Hughes和同事利用一种先前只用于简单生物体（如酵母和线虫）的技术对小鼠的基因组进行了研究。在酵母和其它简单有机体中，具有相同功能的基因的表达往往具有同步调节的特征。在这些有机体中，确定已知和未知基因的相关联的表达能够帮助预测一个新基因的功能。一直以来人们认为这种技术无法用在哺乳动物上，同一个组织中表达的基因最有可能具有一种功能上的联系并因此产生了组织特异性。

在新的研究中，Hughes和同事创造出了含有在55种组织中表达的40000个已知的小鼠mRNA的芯片并对其进行分析。分析结果表明来自同一个GO-BP（Gene Ontology ’Biological Process）类别的基因在转录水平上被协同调节而不取决于它们在何种组织中表达。

为了证实这种方法能够用来预测新的基因功能，研究组对未知功能的基因进行了一种共同表达分析。他们用一种称作支持向量机（一种程序）（SVM）对芯片检测结果进行分析。在这之前，SVM从来没有被用到这个领域。SVM分析得到的功能预测结果被已有的文献中的结果所证实。

这种新的快速的高通量预测哺乳动物基因功能的方法将使利用组织特异性作为预测因子的时代成为历史，并使功能基因组研究领域发生革命性的变化。这项研究的结果也暗示哺乳动物中存在更为复杂的转录控制过程，转录因子可能跨越组织的界限来调节功能上相关的基因的转录。