SAGE Genie:更为快捷便利的基因表达分析网

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    [生物通讯]轻轻点击小小的鼠标，研究人员就能通过互联网快速分析特殊数据库中储存的千万基因的信息。但使用这些数据库的专家们也面临着许多网上冲浪者遭遇的同样问题，如网站混乱，导航模糊等，甚至更糟－－信息不全面或根本不存在。

    为克服这些问题，一组研究人员建立了一个提供更为便利、更为准确的方法来搜索潜在致病基因的网站。这个名为SAGE Genie的新站点，网址为http//cgap.nci.nih.gov/SAGE，是由美国国家癌症研究院（National Cancer Institute，NCI)开展的癌症基因组解剖学计划的一部分。

    “由于人类基因组绝大部分已测序完毕，准确确定基因在哪些部位表达就是下一步的重要任务，但这些信息往往难以利用或很难获得。”SAGE Genie 研究计划的领导人、杜克大学医学中心的Gregory Riggins 博士说。他们的研究结果发表在最新一期的美国《国家科学院学报》（Proceedings of the National Academy of Sciences）上。“我们只是改善了研究基因并使研究结果易于其它研究人员通过互联网获得的好方法。”他说。

    改进是建立在倍受尊敬的基因研究技术－－约翰·霍普金斯大学研究人员开发的基因表达连续分析（serial analysis of gene expression，SAGE)－－的基础上。这项技术通过跟踪RNA分子来追溯其DNA根源，揭示表达水平。尽管已被广泛认为是最有效的人类基因序列特征筛查技术，但即使是最有经验的基因“猎人”探询现有SAGE数据库时也难免遇到麻烦。

    作为系统升级的一部分，研究人员对数据库进行了几次改进。一只由Riggins 博士领导的杜克研究小组浏览了近700万个SAGE转录标签以查明哪些标签最为可靠。路德维格癌症研究院的研究人员开发出一个提醒数据用户转录标签是否“优质”、是否可能含有错误的评分方法。

    两个研究小组帮助纠正了一些深层错误，如基因转录体不完全等。最后，NCI的专家建立了一个整合了这些信息的新站点，为研究人员提供了一个简化的界面，与特殊转录体匹配的信息可迅速在站点中获得。

    “这是一个非常直接且用户友好的界面。”路德维格癌症研究院Sao Paulo分部的Sandro de Souza博士说。“它有助于各个领域想要检查基因表达模式的科学家快速搜索到疾病标记或治疗靶点。”

消息来源：路德维格癌症研究院

生物通摘译自BIO.COM