比较基因组学：酵母基因比预想少500个，将近5600个

　　

    [生物通讯]人类基因组计划的领导人之一Eric Lander博士近日透露，借助于比较基因组学，酵母研究人员的工作量可减少10％。Eric Lander和他的同事研究了4个酵母品种的基因组，明确了酵母基因组有将近5600个基因，比早先预想的少近500个。有关数据尚未发表。

     Lander上周五在洛克菲勒大学的一次演讲中说，他们是根据比较几个有亲缘关系、但又发生分化的酵母品种的基因组推算出这个数字的。该方法对于分析哺乳动物基因组信息也是一个强有力的工具。

   [AD340X300] 通过计算机程序，研究人员比较了Saccharomyces cerevisiae（啤酒酵母）、 S. bayanus（葡萄酒酵母）、 S. paradoxus 和S. mikatae四个酵母品种的基因组。比较结果显示，以前推算的开放读码框中有将近500个并非保守序列，现在显然可以“判它们死刑了”，Lander说。Lander现任职于Whitehead 研究院。

    研究人员同时也发现酵母基因组中的30个新基因。

    S. cerevisiae基因组于1995年测序完毕，根据计算机程序推算其基因组中共有6100个基因。自此以来，研究人员用DNA芯片和其它技术分析的结果都表明，推测的6100个基因中有一部分是失活的，斯坦福大学的遗传学副教授J. Michael Cherry解释说。

    Lander和他的同事已经“清楚无误地证实酵母基因缺失比预想的要少。”Cherry 接受 BioMedNet 新闻的采访时说。

    Cherry 认为，一旦研究结果发表，酵母基因组数据库（Saccharomyces Genome Database，SGD)将标记这60个可疑基因为“不确定基因”，但不必将它们完全从数据库中删除。

    酵母研究人员还将对这个四个基因组进行进一步比较，以确定它们编码的蛋白质和结构域在整个酵母进化中是否也保守，Cherry 补充说。

    例如，Lander 和他的同事惊异地发现，酵母MatA2交配因子在所有4个基因组中都是100%保守的。MatA2是唯一的交配型基因位点，而其具体功能还是一个未知数。

    Lander指出，基因组提出的问题比其回答的还要多。就像阿拉伯故事一千零一夜一样，你可以躺在床上翻阅基因组，而每天它都会带给你一个新故事。

    而比较基因组学中又带给我们不同的惊喜。例如，科学家已经发现人、小鼠、大鼠和狒狒的基因组整个非编码区有91% 完全一致。

    查明非编码区保守元件存在的目的将是未来5到10年内基因组学面临的主要挑战，而正在构建之中的基因组数据库对于未来的比较基因组学分析将扮演着极为重要的角色，Lander补充说。

    未来几年内，科学家还将把最近完成的600到1000万个单核苷酸多态性（SNPs）补充到现有数据库中。通过横向比较几个大基因组数据库，科学家将识别出单基因性状基因以及多种普通疾病的普通基因变异。

    最近，由Lander实验室中一名博士后研究人员Vamsi Mootha完成的一项实验，完美演绎了整合基因组数据库进行比较分析的威力。几年来，Lander和他的同事一直致力于识别编码Saguenay-Lac-Saint-Jean 细胞色素氧化酶缺陷的基因的研究，Saguenay-Lac-Saint-Jean 细胞色素氧化酶缺陷是一种罕见的小儿科疾病。

    研究人员已将搜索范围缩小到含有50个基因的染色体区域。一个周六的下午， Mootha对实验室中可以获得的大规模DNA、RNA和蛋白质信息数据库进行聚类分析，发现了一个可疑基因和两个基因突变。

    Lander表示，我们从以往的纯实验室科学转向了现在一半实验室、一半信息学的综合科学，这是所有基因组学研究人员共同的梦想。

生物通摘译自BioMedNet