NIH资助以完成基因测序的关键程序－Phrap的优化工作

　　商业热线，西雅图，2002年3月19日消息：Geospiza公司今天宣布，该公司获得了价值达1,100,000美金的SBIR奖，并将继续和Southwest Parallel Software (SPS)合作，优化在基因测序和SNP发现中的关键程序――Phrap。由华盛顿大学Phil Green 博士设计的Pharp已经在人类基因组草图中起着重要的作用，并将继续在世界范围内得到广泛的应用。

DNA测序经常是要把完整的DNA切成许多小片段，然后来测定每个小片段的序列。研究人员使用Phrap来寻找哪些地方这些小片段重叠在一起，并将这些小片段按照原来DNA的顺序重新装配成长片段。Geospiza 和SPS将努力提高Phrap在装配处理过程中的使用外部信息的能力。另外，还将作一些改进，使它能更好地适应高通量的数据处理。

在过去的几年里，Pharp已经在多种基因组计划中得到了广泛的应用，包括SNP，突变发现，表达分析，细菌测序和确证性测序。

Geospiza公司的主席Todd Smith博士说：“Phrap原本只是为帮助基因中心对质粒进行测序而发展起来的工具，但是现在人们正在用Phrap做更多的事情，而且它的应用范围正在以惊人的速度扩展。”

生物信息学家Gary Montry同意此看法，认为：“正如评论家所言，在后基因时代，这将是其中一项最重要的工程之一。重新设计Phrap将会改善基因指令系统中其中最强有力的工具之一。”

Geospiza公司是一个在创新数据管理软件开发方面具有国际先进水平的企业，主要提供生物信息软件，系统，并在1997年开始为世界范围的DNA测序实验室提供服务。

摘自 基因潮