大鼠基因组序列信息落户GenBank

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    [生物通讯]大鼠基因组测序联盟日前宣布，已将大鼠基因组21条染色体上的组装序列储存到GenBank。

    这个联盟由来自8个公司、医院和学术组织和非盈利团体的研究人员组成，将Clone-by-clone测序方法与全基因组鸟枪法结合起来测序大鼠的基因组。科学家还开发出名为Atlas的新软件来帮助测序数据的组装。

    这个6.5倍覆盖率的组装图由3300万个基因序列组成，其中约有1200万个来自20,000个BAC。当大鼠基因组由Atlas软件组装时，基因组共出现1,032个片段，这是该联盟的领导结构、贝勒医学院人类基因组测序中心透露的。

    重叠群（contig）共计有25.6亿个碱基对，也就是超过了大鼠基因组的90％。典型的重叠群大小为32,200个碱基，但研究人员相信大鼠基因组本身有28亿个碱基－－略小于人类但大于小鼠基因组。

    除了德克萨斯的贝勒医学院外，参与该计划的还有赛莱拉基因组公司、马里兰州的基因组疗法公司、加拿大温哥华的不列颠哥伦比亚癌症局、基因组研究院、盐湖城的犹他大学、奥克兰的儿童医院奥克兰研究所、以及维斯康忻州的威斯康辛医学院。

    这项计划由美国国家人类基因组研究院和美国国家心肺与血液研究院共同资助。

生物通编译自GenomeWeb