UniProt：三大蛋白数据库的整合体

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    [生物通讯]蛋白组学要联合行动了！一项新国际计划于上周宣布将收集蛋白质结构的资源，建立一个综合全面、向公众开放的蛋白组数据库来帮助科学家解释人类基因组计划以及其它测序计划所产生的大量数据。

    美国国家人类基因组研究院（National Human Genome Research Institute ，NHGRI)与美国国家卫生研究院的(NIH)其它5家研究中心和研究院于10月23日宣布，将资助建立一个统一的蛋白数据库（Unified Protein Database)，缩写为UniProt。未来3年内，NIH将共投资1500万美元资助该计划。

    目前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS-PROT计划建立的数据库，NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上资金短缺，SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，Good说。这种形势导致了TrEMBL的产生，这是计算机注释的SWISS-PROT分支数据库，目的是暂时储存日益增多的蛋白质结构信息。另外，美国的蛋白信息资源（Protein Information Resource ，PIR)也独立编辑其自己的数据库。

    现在，这三个计划的领导人将展开合作，将三大数据库合并为一个。联合起来的力量将“减少重复工作，由此也可以节省不必要的费用。”SWISS-PROT的领导人、英国剑桥欧洲生物信息研究院的Rolf Apweiler说道。Apweiler表示，UniProt将是SWISS-PROT、TrEMBL和PIR三大数据库的最佳整合。他期望着这个蛋白数据库能够于2003年底上网。未来的网址为 www.uniprot.org。

    “这个计划来的正是时候。”波士顿Dana-Farber癌症研究院的结构生物学家Jia-huai Wang称赞道。测序者们已经产生了大量蛋白信息，但只有少数蛋白的结构被破译。“有了这样一个综合可靠的数据库，科学家就可以更为准确地根据相关蛋白的信息来预测其它蛋白质的结构和功能。”Wang说。

    一个集中化的数据库十分重要，密歇根大学的肿瘤学家Samir Hanash对此表示同意。他同时也是人类蛋白组组织（Human Proteome Organisation）的主席。然而，Hanash提醒说，UniProt只是一个开始，还需要建立其它的数据库来储存有关蛋白质何时何处在机体中活动的信息，他说。

生物通编译自SCIENCE NOW