引起橡树骤死的病原体成为下一个测序目标

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    [生物通讯]一个以对植物产生危害的重要微生物为测序目标的新基因组计划将有助于抵御无数农业病虫害，以及对加州的橡树产生巨大破坏作用的橡树骤死综合征。

    60种原生生物种水霉Phytophthora中的每一种都对植物产生危害。其中最著名的当属引起20世纪马铃薯作物种植失败从而促使爱尔兰居民向北美迁移的一种水霉，但还有另外两种水霉至今仍然对农业有着重要影响。大豆疫霉菌（Phytophthora sojae）导致大豆根部腐烂，这种病害导致全世界每年损失10多亿美元。而另一种引起橡树骤死综合征的P. ramorum，使加州和俄勒冈美丽的橡树林逐渐枯竭，对其它林带也造成威胁(ScienceNOW, 10 January)。

    现在，3个联邦政府机构（美国能源部、美国国家科学基金会和美国农业部）联合拨款4百万美元资助对 P. ramorum 和P. sojae的全长基因组进行测序和分析。研究人员在加州Walnut Creek的联合基因组研究院的Jeffrey Boore领导下，将测序和组装这两种原生生物的序列草图，而由弗吉尼亚生物信息学研究院的Brett Tyler领导的研究小组将通过破译这些序列数据识别基因并对基因的功能做出解释，这些基因信息有望在一年内公布。Tyler表示，在一项新的合作研究计划中，Phytophthora专家们将被鼓励积极参与到通过互联网精炼基因组序列的注释的努力中来。

    通过比较这两个Phytophthora的基因组 或与其它类似的生物进行比较，有可能找到可以迅速识别出病原体是否存在于橡树中的标记，这最终有助于查明引起橡树死亡的究竟是哪一个基因，Boore解释说。另外，通过找到Phytophthora基因组中迅速进化的部分并寻找感染橡树林的株系之间的微小差异，研究人员也许还能跟踪这种疾病。

    基因组图谱的绘制对于 P. ramorum而言尤为重要，加州大学伯克利分校的植物病理学家Matteo Garbelotto认为。虽然已经知道这种病原体需要中间宿主来攻击橡树，“但当前我们还不知道它从一种植物到另一种植物能走多远。”他补充说，虽然最终消灭这个病害可能需要很长的时间，但病原体的基因组信息将有助于研究人员查出橡树可能对病原体产生抵抗力的基因，了解究竟是什么使得橡树比其它植物更易受到病原体的攻击。

生物通编译自SCIENCE NOW