Celera和HGP基因组序列的差异

　　

生物通编译：当Celera和HGP这两个竞争中的组织在二月份发表各自的人类基因组图谱时，彼此都在挑剔对方的图谱质量。现在，首次对这两个组织的基因组图谱进行正式比较，结果证明图谱区别很大，并且结果显示Celera Genomics公司绘制的图谱覆盖范围不够广泛，但精确度更高。

    8月9日，在英国HINXTON举行的基因组信息学会议上，爱丁堡医学研究委员会人类遗传学部门的生物信息学负责人Colin Semple，介绍了对4号染色体上6.9Mb的区域(4p15.3 - p16.1)。该区域与双极细胞紊乱相关。这段区域至少96%是爱丁堡大学Kathy Evans和她的工作组使用图谱法独立进行测序的。

    Semple研究组用Evans组的数据作为标准，对Celera Genomics和HGP发表的序列进行了比较。恰恰与推测相反，Celera采用的将基因组打断为随机片段的测序方法所得结果比HGP使用的基于图谱的方法要好。Celera在这段DNA区域的拼接错误是HGP的一半，每1Mb有2.08次错拼。

    然而，Semple工作组发现，Celera的基因图谱仍然满是漏洞：Celera仅测序了这段区域的23%，而HGP测序了59%。Semple指出他们分析的是2000年9月1日公开的资料，毫无疑问，从那时起这两组序列都更新过了。4号染色体区的精确度是否可推广到其他区域也不得而知。

    令人惊讶的是，Semple的陈述几乎没有引发任何批评。的确，比较结果意味着什么很大程度上取决于个人自己的观点。用于HGP基因组序列初期拼接的计算机程序的作者，加利福尼亚大学的Jim Kent说，“HGP的拼接没有如此多问题，但它有着更大的漏洞。” Kent说，“考虑订阅Celera数据库的科学家首先应在公用数据库查阅感兴趣的区域，如果公用数据没什么问题，那么感谢上帝为他们节省了2万美元。”（版权所有 转载请注明）