融合基因为基因功能的深入了解提供线索

　　

生物通编译：波士顿大学的研究人员宣布，在一个基因组中分开存在的基因如果在另一个基因组中融合形成连续序列，可能功能会彼此相关。即将发表在明天出版的Proceedings of the National Academy of Sciences上的这一结果表明功能相关分析可以用来迅速推导出新发现的基因的功能，并且帮助解释基因调控的过程。

波士顿大学生物信息学计划负责人，Charles Delisi说，尽管以前也有文献提出融合基因功能相关的观点，但是这些报告大多数都是些“小故事”。“这是一个对融合基因的系统性研究。我们已经建立一个非常复杂的功能数据库。”

现在新基因正在迅速大量地被发现，但是很多是功能未知的，并且没有序列的同源性。融合连接分析提供一种不使用序列相关性而发现一个特定基因功能的方法。因为基因组数据的规模，进行大规模，系统性分析是重要的，而不同于至今为止发表的小型假设。融合连接分析可以给出高通量的结果。

研究者研究了30个微生物基因组中的基因，并且把每个蛋白质归类到一个功能类，如DNA复制，重组或信号传导。他们在研究的4515个融合连接中发现，72%的情况下，那些融合的基因属于同一个功能类别。

这个结果表明在一个基因组中各自独立存在的基因，如果彼此融合在一起则在功能上是相关联的。研究人员反推提出，很可能一个功能未知基因属于与那些融合连接的“伙伴”相同的功能类别。

加州大学David Eisenberg和同事们首先发表了融合在一起的基因在功能上相关的假设。

UCLA-DOE结构生物学和分子医学实验室的负责人Eisenberg说：“我很高兴看到这种方法得到扩展，而且应用到基因组广泛多样性上。”他说，现在新基因正在不断发现，而且当这样的信息公布出来时，“这种工具将比现在更为有用。”

Eisenberg在研究中使用融合连接分析。他相信当这些工具一起使用时，在了解蛋白功能方面甚至更有力。第二个方法用来研究蛋白质的“系统发生图”，其中如果两个蛋白质共同出现在基因组中时，他们的功能相互作用。其它两个工具研究的是基因空间排列和mRNA表达模式类似性。

DeList实验室的研究生Itali Yanai，论文的第一作者说：“现在最有趣的部分就要到来了。”他计划将进一步研究C.elegans，Arabidopsis，Drosophila和人类基因组的融合连接分析。

他解释说，通过研究那些基因是功能相关的，可以解释基因是如何被调控的。那些研究现在正在进行当中，并且可能将在今年夏天发表。（版权所有 转载请注明）

——摘译自7月3日（heartlake）