有了更快的基因图谱,实验小鼠的使用更少

【字体: 时间:2001年06月12日 来源:

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生物通编译:如果一个新的基因图谱技术成功的话,一台计算机可能值1000只小鼠的价格。该方法可以大大地加速疾病相关基因的鉴定工作中的第一步工作,使得该过程更快,更有效。

如果一种新的基因定位技术获得成功的话,数千的实验小鼠可能将“失业”

科学家经常使用培养的实验小属来寻求疾病基因,因为实验小鼠比人类含有更少的“遗传噪音”。通过培育数百只或数千只小鼠,他们可以寻找与一些病征相关的遗传标记,如肥胖或高胆固醇。相关性的模式可以鉴定小鼠基因组中的区域,该区域称为数量特征位点(QTL),可能含有造成表现出特定表征的基因。寻找QTL是一个艰苦的过程,通常花费数年时间才仅仅是获得一个基因存在位置的一个粗略结果。

现在一组科学家已经找到了一种加速该过程的方法。加州Palo Alto的罗氏生物科学(Roche Bioscience)公司的Gary Peltz和在罗氏,以及斯坦福大学,俄勒冈健康科学大学的合作者们建立了一个含有15个品系的小鼠的3000多个遗传标记(单核苷多态性,SNPs)的数据库。然后该研究组建立了一个迅速搜索SNP数据库鉴定QTLs的算法。

研究者首先寻找或者确定,一个特定的特征,如胆固醇水平,在各种特征中如何变化。然后建立的算法可以比较成对的特征,寻找各种具有类似表型的特征共有的,但是不同表型的特征不共有的SNP模式。进行比较的特征越多,那么获得的结果越可靠。

为了测试他们建立的算法,他们用已经发表的10种特征(骨骼密度,酗酒倾向,和其它)的表型数据进行了计算机验证。然后他们将计算机预测的位点与发表的通过传统小鼠实验方法定位的QTLs进行比较。预测的结果与实际结果有75%的吻合。

加州大学旧金山分校的Dean Shepherd提醒说,这还不能算是获得了成功。他说:“为了证明这个方法确实可靠,我们还必须确切地找到一些可以解释表型不同的特异突变。”但是Shepherd很是乐观,他说:“很有可能在不久的将来这个方法真的可以获得成功。”(版权所有 转载请注明)

——摘译自6月8日Science now(heartlake)

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