基因芯片即将建立自己的标准

　　

【生物通编译】

微阵列的制造已经有了三年的历史，昨天科学家们开始开会讨论制定报告微阵列数据的最终标准。这次会议对使用被提议的MIAME格式（一次微阵列实验所获最少信息量）设定标准，以及对分析微阵列数据的方法——基因本体论（gene ontology）进行了修正。

在斯坦福大学从事酵母基因组研究的遗传学副教授J. Michael Cherry说，直到最近，微阵列领域一直处于一种“家庭手工业”阶段，许多独立的实验室制造他们自己的芯片。

随着微阵列日益复杂化，以及有更多的公司开始制造微阵列，那些制造点有DNA样品的玻璃芯片的人开始寻求一种让每个人在共享储存的基因表达数据时都能看到统一格式的信息的方式。

在斯坦福大学召开的第三届国际微阵列数据标准，注解，本体论和数据库会议上，微阵列领域的研究者们聚集一堂以确定最终的规则草案。这一规则将规定微阵列研究者们在发表他们的结果时需要公布的各种细节内容。

欧洲生物信息学研究所的微阵列信息学研究组组长Alvis Brazma是这次会议的组织者。昨天他接受了一些建议并修改了草案的内容。

这次会议收集了来自众多微阵列研究团体的信息和建议，以期建立一个达到尽可能一致共识的标准。

与会科学家们讨论了包括微阵列分析基因活动图像，和微阵列扫描过程的激光强度以及空间分辨率在内的各种内容。大家的意见分歧主要集中在是否需要包括阵列的图像上，一些与会者反对规定包括这样的图像。

西雅图系统生物学研究所（ISB）的Stephen Lasky说：“作为一个科学团体，拥有这样的图像信息将帮助我们进行后继工作。我可能希望从你的图像中获得其它一些你没有获得的信息。”ISB的科学家正努力寻求将MIAME规则与蛋白质组学，比较基因组学和单核苷多态性（SNPs）分析中的发现相结合的标准。

力求统一使用MIAME格式的发起者们强调说他们希望避免给较小的实验室强加某些不适当的要求。但是他们也希望鼓励微阵列的制造商们给阵列的使用者提供足够的详细信息。一旦这一标准被一致通过，各期刊也必须执行。规则旨在不依赖于使用特定的微阵列技术获得有关基因表达的信息。

Cherry说：“随着这一技术走向商业化，芯片的多样性将减少。我们已经学会应付目前存在的多重标准。”但是他说，研究者email一个序列，到第二天收到含有该序列的芯片的邮包的日子即将到来。到那时，这个领域必须要求从一个阵列获得的数据足够详细，并且提供足够的注释。

——摘译自3月30日（heartlake）

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