法国研究人员使用新方法完成乳酸乳球菌基因组测序

　　

新生命网站编译 据4月16日的《基因组研究（Genome Research）》杂志报道，法国科学家使用一种新的两步测序方法（two-step sequencing strategy），获得了乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）基因组序列。

为了测序乳酸乳球菌的基因组，法国Jouy en Josas国家农艺研究所的基因组研究者Alexei Sorokin与他在法国Evry国家测序中心的同事们采用了一种比标准全基因组“鸟枪”法（shotgun method）少3到4倍测序反应的测序方法。

第一步称为诊断性基因组测序（diagnostic genome sequencing）, 。研究人员使用大肠杆菌载体克隆相对短的基因组片段，并对有限的一些随机选择的克隆进行测序。然后这个小组使用了一种新的称为多重长片段精确PCR（multiplex long accurate PCR）的技术连接产生的重叠群。

第二步，研究人员随机对另外的克隆测序，然后在PCR产生的模板上进行引物步度（primer walking），来验证序列的准确性。

在论文中作者写道：“我们把第二步称为‘鸟枪磨光（shotgun polishing）’，并认为在此给出的策略可以很好地替代在大多数情况下使用的完全随机策略。当可以得到大量的被完全测序和彻底注解的细菌基因组的时候，它的优点会增加得更多。”

科学家们介绍说，乳酸乳球菌基因组不是特别大，它具有240万个碱基对，编码2,310个蛋白质--大约是人类基因组的千分之一。了解它的序列可以使乳酪的生产得到改善，并会促进人们对与它在医学上有关系的链球菌属的了解。

研究乳酸乳球菌（L. lactis）的纽约州卫生部的遗传学家Marlene Belfort说：“乳酸乳球菌是在制作乳酪过程中有重要作用的一种细菌。这种生物对牛奶工业至关重要。在不同过程的机制方面还有很多需要研究。”