基因表达分析芯片进行癌症预后

　　

    [生物通编译]  研究人员已经能够预测某种类型癌症病人幸存或死亡的可能性。这项技术经过改进可以用来预测其它类型癌症。

    来自麻萨诸塞州波士顿Dana-Farber癌症研究院的Margaret Shipp 和她的同事从弥漫性大B细胞淋巴瘤（diffuse large B-cell lymphoma ，DLBCL)识别出在肿瘤中被激活的基因。接着他们又查明了与病人对癌症疗法的反应相关的基因表达的模式。两项研究结合起来就可以对病人进行预后估测。

    “我们认为这种方法将使当前普遍采用的预后方法向前迈进一大步。”研究小组的成员之一，麻萨诸塞州Whitehead研究院从事基因组学研究的Todd Golub认为。但他警告说，这些基因表达的模式十分微妙，这种检测手段用于临床前，还需要对更多病人进行研究。

    DLBCL病人通常可分为两种：一种通常于几年内死亡（约占病人总数的50％），另外一种则可以生存更长时间，甚至得到治愈。

    阿姆斯特丹荷兰癌症研究院从事DLBCL研究的Daphne De Jong说，要想得到任何治愈的机会，高危病人必须接受杀伤力极大的化学疗法。 对于可以本来长期生存的病人采用化学方法，则弊大于利。

    目前，在治疗开始前还不可能区分出高危病人和幸存者。Shipp的技术可以将病人划分为两部分：有70％5年幸存机会和12％机会的病人。“这样就可以因病情不同分而治之。”de Jong说。

    这种技术不仅能够在身体上治疗病人，而且对病人的心理也有帮助。了解自己病情的可能结果，病人就可以“安排以后的生活了。”de Jong指出。

    Shipp的研究小组将从病人肿瘤中提取出来的样品点到基因芯片上，基因芯片是指含有许多不同DNA片段的微阵列，当肿瘤细胞表达某个基因时， 对应的DNA片段会在杂交中发出信号。接下来研究人员就可以应用数学方法查清基因表达的趋势。

    应用他们的方法发现基因表达的模式十分复杂，数据庞杂。”Golub解释说。但预测病人对化学疗法的反应本身并不需要了解基因究竟是如何表达的。

    因而，通过改进数学运算方法，研究人员也可以查明基因在疾病中的作用。“下一步我们将从这些庞杂数据中提取有用的生物学信息。”Golub说。de Jong认为，从长远来看，这些信息对于癌症预后而言将是最重要的。“这些基因能够提供设计特定目标药物的线索。”她说。

    许多研究小组，包括Shipp的在内，都在用类似的技术寻找其它类型肿瘤如乳腺癌等中基因表达的模式。“我们还没发现哪一种肿瘤不适用于这个策略。我们有理由抱乐观态度。”

参考文献

1. Shipp, M. A. et al . Diffuse large B-cell lymphoma outcome prediction by gene-expression profiling and supervised machine learning. Nature Medicine, 8, 68 - 74, (2001).

生物通摘译自NATURE 2001-12-24，版权所有，转摘请注明出处