SGI与Linux竞争生物信息学市场

　　

      （生物通编译）上周二，SGI发布了用于中 程技术应用软件的300 server服务器，借以与Linux 的簇集平台（cluster platform）竞争生物信息学市场。

     原创300借助了SGI为高端Origin 3000系列 配置的NUMAflex模块搭建技术。SGI科学软件部销售经理Dan Stevens宣称，不需要Origin 3000那样高性能的生物信息学研究人员可以用不同的模块以产生划算的”专向应用“。

     Stevens表示SGI的应用工程师们已编写了一系列围绕生物信息学软件如Blast、FastA,、ClustalW和 Hmmer等的接口，因而他们可以在一个“高通量”的系统中运行。这些软件可对SGI用户免费开放。

    Stevens表示相比SGI自己的Origin3000、Compaq Alpha、惠普HP 9000、IBM pSeries 和 SP high node, 和Sun Fire，在500,000美元以上价位的服务器中，Origin300在浮点和整数运算方面都表现最佳的性价比。

     但是根据Stevens所言，高性能的计算技术供应商并非SGI在生物信息学领域的首要竞争对手——Linux clusters平台才是。当越来越多的HPC用户转向Linux clusters平台以便以较低费用满足他们处理数据需要时，很多人并没有考虑包括维护费在内的整体费用。

     意识到来自Linux的威胁后，SGI 随即开发了一个12-CPU基准的系统来与32-CPU 的Dell PowerEdge 2250 (1 GHz Pentium III)竞争。每一系统每天可进行100,000个BlastX搜索，在超过600,000个序列的数据库中查询1140个EST序列。SGI计算出拥有Origin 300 ，3年的所有花费为140,100美元，而Linux clusters平台则需要$225,600美元。

    上周SGI还发布了其TP900存储系统，这是一个入门水平的磁盘 组，既可独立运作也可作为Origin 300的扩展模块。

    Origin 300的发布正好是在SGI与Incyte 合作在Bristol-Myers Squibb安装基于Linux的生物信息学系统的一年之后。

    2000年11月，Bristol-Myers成为Incyte-SGI系统的第一个签约用户，它将Incyte的Linux clusters平台与SGI的Origin 2000服务器连接在一起。这个医药界巨子宣称计划将该系统用于基因和蛋白质序列分析、转录机制以及蛋白质组学。