高分辨率大肠杆菌基因组阵列分析RNA表达

　　

DEC 2000

12月出版的Nature Biotechnology上哈佛医学院遗传学系的Douglas W. Selinger和George M. Church与哈佛大学的Kevin J. Cheung，和来自Affymetrix公司，Novartis研究基金会的基因组学研究所以及威斯康性大学麦迪逊分校遗传学实验室的合作者们共同发表了一篇利用30碱基对分辨率的大肠杆菌基因组阵列进行RNA表达分析的论文。

他们研制了一种用于研究大肠杆菌中基因表达和调控的高分辨率的“基因组阵列”。这个阵列含有全基因组上平均每30个碱基对有一个25个碱基长的寡核苷酸探针，在基因内区域每6个碱基一个探针，在4290个开放读码框（ORF）内每60个碱基一个探针。在低至每个细胞含0.2个信使RNA（mRNA）的水平下可以检测到两倍的浓度差异，并且可以检测到三个动态范围的差异。在富营养培养基中，他们分别在静止期和对数增长期检测到97%和87%的ORF的转录本。他们发现在这两个条件下，有1529个转录本的表达不同。和预测的相符，翻译相关的基因在对数增长期以更高水平表达，而其它许多被认为与饥饿反应有关的基因在静止期表达水平高。他们还鉴定许多以前不知道的生长期调控的基因，如假定受体（b0836）和一个30S核糖体蛋白亚基（S22），二者在静止期都被高度上调。实验中观察到了预测的3000到4000个ORF的反义链的转录本，表明基因组中大部分都是以可检测到的水平进行转录。在文中研究者还提供了利用高分辨率阵列进行转录起始和终止位点以及RNA二级结构分析的结果。

——摘译自Nature Biotechnologyvol 18 No 12