印度口蹄疫病毒 O 型流行株 3A 编码区的独特变化：进化线索与意义

为深入了解口蹄疫病毒（FMDV）O 型毒株进化规律，研究人员对印度 60 年间的 FMDV O 型分离株 3A 区域展开研究。发现毒株存在频繁替换、特定区域缺失等情况，还明确了进化速率等。这有助于掌握病毒进化，防控口蹄疫。

　　在这项研究中，科研人员首次对来自印度、时间跨度 60 年的口蹄疫病毒（Foot-and-Mouth Disease Virus，FMDV）O 型分离株的 3A 区域进行全面分析。在高变的 C 末端区域，经常能观察到碱基替换，这和其他血清型呈现的模式是一致的。2021 年一次疫情中的一个分离株，在 138 - 140 位出现了独特的三个密码子缺失，和柬埔寨、越南的 O 型病毒缺失情况类似。虽然这个区域的缺失是可以被病毒所耐受的，但这种变化似乎是个随机事件，并没有给病毒带来长期的进化优势，因为这个毒株在野外并没有持续存在。研究发现，大约 48% 的密码子受到纯化选择的作用，而只有 4 个密码子（132、134、143 和 146），都位于 C 末端的后半段，表现出正选择的迹象。间歇性选择还影响了 109、125、132、134、143 和 146 这些位点，在纯化选择的压力下，会出现短暂的正选择爆发。这种相互作用很可能推动了适应性进化，增强了病毒在 3A 区域的适应性。从 1962 年到 2023 年，O 型毒株 3A 区域的平均进化速率估计为 2.594×10^-3 替换 / 位点 / 年，95% 最高后验密度区间为 1.759×10^-3 至 3.419×10^-3。这个速率和 O 型病毒 VP1 区域的估计值相当，并且与印度（6.338×10^-3 s/s/y）、东非（2.7×10^-3 s/s/y）以及全球（4.81×10^-3 s/s/y）分离株的进化速率也很接近。