《Genome Biology》:ASPM mediates nuclear entrapment of FOXM1 via liquid-liquid phase separation to promote progression of hepatocarcinoma
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为探究 FOXM1 调控机制,研究人员开展肝癌相关研究,发现 ASPM 与 FOXM1 形成双正反馈环促癌,提供治疗新思路。
肝癌,作为全球第六大常见癌症以及第三大癌症致死病因,严重威胁人类健康。在肝癌的发生发展过程中,基因调控失衡扮演着关键角色,一系列转录因子,像 c-Myc、YAP1、Forkhead box protein M1(
FOXM1 )等,都在其中发挥着重要作用。然而,目前针对基于转录因子的肝癌治疗手段却十分匮乏。
FOXM1 作为叉头盒转录因子家族的重要成员,在细胞有丝分裂、DNA 损伤修复以及组织再生等过程中发挥着关键作用。它通过与靶基因启动子区域的经典结合基序结合,激活下游基因,进而广泛调控癌细胞的多种恶性行为,包括无限增殖、放化疗抵抗、代谢重编程以及血管生成等。不过,FOXM1 自身的上游调控机制却一直是个未解之谜。
异常纺锤样小头畸形相关蛋白(ASPM),作为果蝇 “异常纺锤体” 基因在人类中的同源基因,不仅与原发性小头畸形 5 型密切相关,而且在维持基因组稳定性方面发挥着重要作用。近年来,大量研究表明,ASPM 在多种实体瘤,尤其是肝癌中异常高表达,与肿瘤的侵袭性进展和不良预后紧密相关。然而,细胞核定位的 ASPM 在肝癌发生发展中的具体功能和调控机制,仍有待深入探索。
为了深入揭示这些关键问题,第四军医大学的研究人员展开了一项深入研究,相关成果发表在《Genome Biology》杂志上。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本方面,收集了临床不同阶段的肝癌组织及癌旁正常组织。实验技术上,运用基因集富集分析(GSEA)、免疫共沉淀(co-IP)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)等技术,从基因、蛋白等多个层面深入探究 ASPM 与 FOXM1 之间的关系 。
研究结果如下:
筛选并验证 ASPM 与 FOXM1 互作 :通过对 5654 个细胞核定位基因进行 GSEA 分析,结合 PhaSePred 筛选,发现 ASPM 是与 FOXM1 相互作用的关键蛋白。进一步的 co-IP 实验和免疫荧光染色证实,ASPM 与 FOXM1 在肝癌细胞和肿瘤组织中存在相互作用且共定位于细胞核。ChIP-seq 分析显示,两者在基因组上的结合位点高度重叠,共同促进下游基因的转录。
FOXM1 与 ASPM 形成动态凝聚物 :超分辨率显微镜观察发现,转染 GFP-FOXM1 和 mCherry-ASPM 的细胞中,出现了明显的液滴样凝聚物,且具有动态和可逆的特性。氨基酸序列分析表明,FOXM1 和 ASPM 的内在无序区域(IDRs)对凝聚物的形成至关重要。
ASPM 增强 FOXM1 蛋白稳定性 :敲低 ASPM 后,FOXM1 蛋白水平显著下降,而其 mRNA 水平无明显变化,表明 ASPM 通过抑制蛋白酶体介导的降解来增强 FOXM1 的稳定性。实验显示,蛋白酶体抑制剂 MG132 可消除敲低 ASPM 对 FOXM1 蛋白水平的影响。
ASPM 对肝癌细胞增殖和肿瘤生长至关重要 :功能实验表明,敲低 ASPM 显著抑制肝癌细胞在体外的存活和增殖能力,而过表达 ASPM 则具有相反效果。在体内实验中,敲低 ASPM 的裸鼠移植瘤体积、重量和生长速率明显降低,生存期延长。
FOXM1 可挽救 ASPM 缺失对肝癌生长的抑制作用 :在 ASPM 敲低的细胞中重新表达 FOXM1,能够逆转细胞增殖受抑制的情况,强调了 FOXM1 在 ASPM 相关肿瘤生长中的关键作用。
ASPM 与 FOXM1 在肝癌中协同表达并形成双正反馈环 :免疫组化和生物信息学分析发现,ASPM 与 FOXM1 在肝癌组织中表达模式相似,且在多种实体瘤中存在共表达现象。进一步研究证实,FOXM1 可转录激活 ASPM 的表达,两者形成双正反馈环,共同促进肝癌的进展。
ASPM 与 FOXM1 共高表达与肝癌不良预后相关 :通过 GEPIA 工具分析发现,ASPM 和 FOXM1 高表达的肝癌患者总体生存率和无病生存率较低,且随着肿瘤分期的增加,两者的表达逐渐升高。
研究结论和讨论部分指出,该研究首次揭示了 ASPM 与 FOXM1 通过液 - 液相分离(LLPS)在肝癌细胞核内形成凝聚物,稳定 FOXM1 蛋白,同时 FOXM1 转录激活 ASPM,两者形成的双正反馈环显著促进肝癌的进展。这不仅拓展了对肝癌发病机制的理解,更为肝癌的治疗提供了新的潜在生物标志物和治疗靶点。未来,针对 ASPM 与 FOXM1 相互作用的深入研究,有望为肝癌的精准治疗开辟新的道路。
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