空间 ATAC-RNA 测序与空间 CUT&Tag-RNA 测序：开启转录组与表观基因组联合分析新时代

《Nature Protocols》：Spatially resolved genome-wide joint profiling of epigenome and transcriptome with spatial-ATAC-RNA-seq and spatial-CUT&Tag-RNA-seq

研究人员开发空间 - ATAC-RNA-seq 和空间 - CUT&Tag-RNA-seq 技术，可同时分析转录组和表观基因组，意义重大。

　　细胞的表观基因组与基因转录紧密相关，基因转录控制着细胞特性和多种生物学活动。近年来，空间技术的进步通过保留空间信息分析转录组学或表观基因组学，增进了人们对组织异质性的理解，但这些技术主要局限于一次分析一个分子层面。在此，研究人员介绍了两种空间分辨测序方法 —— 空间染色质可及性测序与 RNA 测序联合技术（spatial-ATAC-RNA-seq）和空间切割标签测序与 RNA 测序联合技术（spatial-CUT&Tag-RNA-seq）的实验流程，这两种技术可在全基因组范围内共同分析转录组和表观基因组。在这两种方法中，转录组读数是通过组织固定、透化和原位逆转录产生的。在 spatial-ATAC-RNA-seq 中，使用 Tn5 转座酶探测可及染色质；在 spatial-CUT&Tag-RNA-seq 中，组织与靶向组蛋白修饰的一抗孵育，随后由与蛋白 A 融合的 Tn5 诱导进行标记片段化。这两种方法都利用了一种微流控装置，该装置可提供两组寡核苷酸条形码，以接近单细胞分辨率生成组织像素的二维镶嵌图。一个 spatial-ATAC-RNA-seq 或 spatial-CUT&Tag-RNA-seq 文库可在 3 - 5 天内构建完成，使研究人员能够同时研究完整组织切片的转录组景观和表观基因组景观。该实验方案是之前空间分辨表观基因组测序方案的延伸，为多模态分析提供了机会。