孟加拉国水源分离出耐头孢吡肟鲍曼不动杆菌（A. baumannii）TDU5 的基因组特征及意义 **

来自孟加拉国的研究人员对耐头孢吡肟的A. baumannii TDU5 进行研究，揭示其基因组特征，意义重大。

　　鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii，A. baumannii）是一种机会致病菌，常引发严重的医院感染，尤其是在免疫功能低下的患者中。它能够逃避宿主的免疫防御，比如对补体介导的血清杀伤具有抗性，这大大增强了它的致病性。对第四代头孢菌素（如头孢吡肟）的耐药性出现，更是加剧了这种病原体在全球范围内的威胁，限制了治疗选择，让治疗结果变得更加复杂。

在这项研究中，研究人员从孟加拉国达卡乌丹附近的图拉格河水中分离出一株耐头孢吡肟的A. baumannii菌株。研究人员采集水样，装入无菌的 50 毫升锥形离心管并带回实验室。将 1 毫升水样与 9 毫升 0.9% 无菌生理盐水（NaCl）混合，把样本稀释 10 倍。随后，取 100 微升稀释后的样本均匀涂抹在利兹不动杆菌琼脂平板上。挑取分离出的单菌落，在营养肉汤中进行传代培养。采用纸片扩散法（Kirby Bauer method）对该菌株进行头孢吡肟药敏试验。按照既定方案开展血清抗性试验。使用革兰氏阴性菌基因组 DNA 纯化试剂盒（英国新英格兰生物实验室，New England Biolabs）提取基因组 DNA，严格遵循制造商的操作流程（NEB#T3010）。在孟加拉国科学与工业研究理事会（Bangladesh Council of Scientific and Industrial Research，BCSIR），借助 Illumina Miniseq 测序系统，在 Illumina 平台上进行全基因组测序。运用 Nextera XT DNA 文库制备试剂盒构建配对末端测序文库，平均插入片段大小为 150 碱基对。用 FastQC（v0.11）对原始 FASTQ 文件进行质量检测，再通过 Trimmomatic（v0.39）进行修剪，设置修剪参数为保留平均质量得分至少 30 分、长度至少 50 碱基对的序列。利用 SPAdes（v3.15.4）对高质量序列进行从头组装，借助 Prokka 和 RAST 进行注释。使用 Proksee 可视化基因组，通过 KmerFinder 工具鉴定菌株。利用 MLST 2.0 工具进行多位点序列分型（MLST typing）。通过 CARD 服务器，采用默认参数检测抗生素耐药基因（ARGs）。运用 VFDB 和 PathogenFinder（v1.1）工具，以默认参数确定毒力因子基因（VFGs）和致病性。

研究发现，该分离菌株不仅对头孢吡肟耐药，还具有血清抗性。Illumina 测序共获得 18110 万条序列读数。TDU5 菌株的基因组草图组装后大小为 3586480 碱基对，具体特征详见表 1。耐头孢吡肟的A. baumannii TDU5 菌株含有 bla_PER-7、bla_ADC-52和 bla_OXA-91基因，这些基因可使菌株对包括头孢菌素在内的多种 β - 内酰胺类抗生素产生耐药性。此外，还检测到 gyrA（S81L）和 parC（V104I 和 D105E）基因发生突变。研究人员还发现了多个毒力因子基因，如 basA、basB、bauA、bauB、entE、lpsB、lpxA、lpxC、lpxD、ompA 和 plcD，同时也发现了 csu 操纵子（csuABCDE）和 pga 操纵子（pgaABCD）。研究表明，pbpG 基因在血清抗性方面可能发挥重要作用。经检测，该菌株有 86.3% 的可能性是人类病原体，共匹配到 624 个致病家族。这项研究揭示了从环境源分离出的致病性A. baumannii菌株的基因组特征，凸显了在孟加拉国实施 “同一健康”（One Health）理念的重要性。**<