噬菌体Lilbunny：从兔子粪便堆肥中发现的新型噬菌体及其基因组特征

研究人员从兔子粪便堆肥中分离出一种新型噬菌体Lilbunny，其感染对象为Mycobacterium smegmatis mc2155，揭示了其基因组特征，为噬菌体研究提供了新见解。

　　噬菌体Lilbunny是一种从兔子粪便堆肥中分离的噬菌体，属于噬菌体A6亚簇，基因组长度为50,789 bp，包含95个开放阅读框，其中52.6%的开放阅读框编码具有预测功能的蛋白质，还包含3个tRNA基因。该噬菌体于2023年10月1日在犹他州普罗沃从约100克兔子粪便堆肥中分离出来。通过在7H9液体培养基中振荡培养，然后进行0.2微米过滤和三重M. smegmatis mc²155噬菌斑测定（37°C培养48小时），发现噬菌斑清晰，直径约为2毫米。透射电子显微镜（2%醋酸铀负染）显示，噬菌体具有噬菌体形态，长度约为200纳米。高滴度裂解液被送往CD Genomics进行DNA提取和测序。使用Illumina NovaSeq X PE150平台生成了274万对150 bp的末端测序读取。经过一系列生物信息学分析，最终获得了50,739 bp的基因组序列，覆盖率为4,051×，G + C含量为61.5%。噬菌体序列被分配到Gladiatorvirus属，并通过BLAST分析被归类到A6亚簇。基因组注释使用了多种工具，包括DNA Master、Glimmer、GeneMark等，并通过Phamerator和Starterator进行了优化。通过HHPRED和BLASTP搜索确认了注释结果。研究人员共鉴定出95个蛋白编码基因和3个tRNA基因，分别对应天冬氨酸、色氨酸和谷氨酰胺。这些基因由Aragorn和tRNAscan-SE确定。此外，还鉴定出可能编码溶菌酶、DnaB样解旋酶和金属磷酸酶的开放阅读框。