广谱聚合酶链反应（BR-PCR）在感染性疾病诊断中的临床应用与价值

《Microbiology Spectrum 3.7》：Broad-range polymerase chain reaction and sequencing for the diagnosis of infectious diseases

本研究深入探讨了广谱聚合酶链反应（BR-PCR）在感染性疾病诊断中的性能与临床应用价值，发现其在特定情况下可有效补充传统微生物培养方法，为精准治疗提供依据。

　　

研究背景

确定感染的病原体对于指导抗菌治疗至关重要，不仅可以实现治愈，还能缩小抗生素使用范围，减少广谱抗生素的副作用。目前，微生物培养是诊断大多数感染的“金标准”，但由于经验性抗生素的使用以及慢性感染中微生物处于静止状态，标准培养技术难以恢复微生物。因此，开发能够揭示感染微生物原因的诊断技术迫在眉睫。广谱聚合酶链反应和测序（BR-PCR）是一种新兴的诊断技术，它可以直接从临床标本中识别微生物的分子标志物，无需微生物培养。然而，BR-PCR与常规培养方法相比的性能以及对临床管理的影响尚未完全明确。

研究方法

本研究为一项回顾性横断面研究，评估了2018年至2021年马里兰大学医学系统（UMMS）患者中BR-PCR结果对诊断和管理的影响。共纳入348份来自327名患者的独特标本，这些标本均进行了细菌（n=337）、真菌（n=232）和分枝杆菌（AFB，n=206）的BR-PCR检测。通过比较BR-PCR与相应培养方法（细菌培养n=302，真菌培养n=137，AFB培养n=111）的结果，评估其一致性，并分析BR-PCR结果是否导致临床管理的改变，包括抗菌药物的更换或治疗持续时间的调整。

研究结果

• BR-PCR与培养方法的比较：研究发现，BR-PCR检测细菌的敏感性为30.9%（25/81；95% CI：21.8–41.6%），真菌为18.8%（3/16；95% CI：5.8–43.8%），AFB为33.3%（1/3；95% CI：5.6–79.8%）。细菌的阴性百分比一致性为80.1%（165/206），可能反映了抗生素预处理或难以培养的微生物的检测。尽管BR-PCR的周转时间较长，但其结果在6%的病例中改变了临床护理。
• BR-PCR的临床应用场景：在纳入的标本中，超过一半（11/21）导致临床管理改变的病例中，BR-PCR从培养阴性的标本中识别出细菌，这些标本来自骨骼和关节、中枢神经系统、腹内和血管内等部位。在16/21的病例中，BR-PCR检测到了微生物。值得注意的是，其中4个标本未进行常规培养，可能是因为对感染的怀疑程度低、未咨询感染病团队或对检测效能了解有限。真菌和AFB的BR-PCR结果在3/21的病例中导致了具有临床意义的改变。在5/21的病例中，基于BR-PCR的阴性结果停止了抗菌治疗。
• BR-PCR的性能表现：细菌BR-PCR的阳性百分比一致性为26%，可能反映了抗生素预处理的影响，并暗示了较高的假阳性率。常规报告污染菌和菌群是预期的。数据显示，BR-PCR在识别经过抗生素预处理的患者和培养阴性标本中的细菌方面具有补充标准护理的作用。此外，具有可检测炎症和/或微生物的标本更有可能通过BR-PCR获得阳性细菌鉴定。
• BR-PCR的局限性：BR-PCR的局限性包括接近3周的周转时间以及无法在常规临床诊断实验室中订购。研究的一个潜在局限性可能是错误地假设BR-PCR结果促使了管理的改变，而在某些情况下，BR-PCR结果的可用性恰逢预定抗生素治疗的完成。尽管存在这些局限性，BR-PCR在临床护理中的实际应用表明，该检测具有一定的意义，但建议在使用BR-PCR之前，应充分利用传统的感染病工作流程。

研究结论

尽管BR-PCR与培养方法在识别微生物方面的一致性较低，但研究表明，BR-PCR可以补充标准护理，用于检测不常见的、难以培养的微生物。总体而言，BR-PCR结果在6%的病例中改变了临床管理，这与其他包括广泛标本类型的研究相似。目前，BR-PCR的临床应用最好是在怀疑难以培养的微生物或标本培养阴性时使用，但不应取代常规培养方法。未来需要进行病例对照或多中心研究，以更好地为BR-PCR在感染性疾病诊断和患者治疗中的应用提供广泛适用的实践和指南。