约旦口蹄疫新发现：SAT2 XIV 拓扑型及 VP1蛋白 SNP 的鉴定

《Veterinary Research Communications》：Detection and genomic characterization of foot and mouth disease virus SAT2 XIV topotype using amplicon-based nanopore sequencing

为明确约旦口蹄疫（FMD）流行现状，研究人员开展研究，发现 SAT2 XIV 拓扑型及 VP1蛋白 N137S SNP。

　　口蹄疫（Foot and mouth disease，FMD）是一种极具传染性的水疱性病毒病，主要感染偶蹄动物。该疾病由口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus，FMDV）引起，FMDV 包含 7 种血清型（O、A、C、Asia-1、SAT1、SAT2 和 SAT3），各血清型之间缺乏交叉免疫保护，这使得疫苗接种策略变得复杂。因此，对病毒蛋白 1（viral protein 1，VP1）进行测序，对于确定一个国家流行的血清型至关重要。约旦是口蹄疫的流行地区，根据以往数据，主要流行的是 O 型和 A 型血清型。然而，约旦口蹄疫的流行病学状况需要更新。在这项研究中，研究人员从 2023 年初约旦代莱勒（Al-Dhlail）近期疫情爆发期间收集的 200 份样本中，通过定量聚合酶链反应（quantitative polymerase chain reaction，qPCR）检测发现有 49 份样本呈阳性。研究人员从这些阳性样本中选取了 14 份，对 VP1 基因进行 PCR 扩增，随后采用纳米孔技术进行测序。系统发育分析显示，存在 SAT2 XIV 拓扑型，通过该方法成功测序了 11 份样本。此外，桑格测序（Sanger sequencing）验证了研究人员首次发现的 VP1 蛋白中 N137S 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）。这项研究提供了新的数据，可用于并融入到国家和全球对抗该疾病的工作中，还带来了新的诊断方法。