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基于组织病理学的人工智能模型预测肾癌抗血管生成治疗反应
《Nature Communications》:
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年03月18日 来源:Nature Communications
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推荐语:针对转移性透明细胞肾细胞癌(ccRCC)抗血管生成(AA)疗法缺乏预测性生物标志物的难题,来自UT Southwestern Medical Center等机构的研究团队开发了一种基于H&E染色切片的深度学习(DL)模型"H&E DL Angio"。该模型通过可视化血管网络预测RNA血管评分(Angioscore),在真实世界和IMmotion150试验队列中预测AA治疗反应的C指数达0.66,性能接近金标准RNA检测且成本大幅降低,为临床决策提供了可解释的AI解决方案。
透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是肾脏恶性肿瘤中最常见的亚型,其治疗长期依赖抗血管生成(AA)疗法,如血管内皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(VEGF-TKIs)。然而临床面临严峻挑战:约30%患者对AA治疗无响应,但现有预测标志物如CD31免疫组化或RNA血管评分(Angioscore)存在成本高、耗时长、无法反映肿瘤异质性等问题。更棘手的是,随着免疫检查点抑制剂(ICI)的应用,如何精准选择AA或ICI单药/联合方案成为临床决策的痛点。
为解决这一难题,来自UT Southwestern Medical Center的Jay Jasti、Satwik Rajaram团队联合Genentech等机构,开发了首个基于常规H&E染色切片的可解释深度学习模型"H&E DL Angio"。该研究通过整合多组学数据和临床试验队列验证,实现了从病理图像直接预测治疗反应的新范式,成果发表于《Nature Communications》。
研究团队运用三大关键技术:1) 混合深度学习架构,同时训练血管网络分割(基于CD31 IHC)和RNA Angioscore预测分支;2) 采用UTSW多区域测序队列(UTSeq)和IMmotion150临床试验样本进行外部验证;3) 开发可视化算法展示像素级血管网络预测,增强模型可解释性。通过3折交叉验证优化,模型在TCGA训练集达到0.68的Spearman相关性。
模型构建与验证
研究创新性地将U-Net与ResNet结合,利用TCGA KIRC的462例样本训练模型。关键突破在于同时预测血管掩膜和RNA Angioscore,并通过非线性变换强制二者一致性。在UTSeq队列中,模型预测与RNA Angioscore相关性达0.77,显著优于CD31 IHC的0.45。IMmotion150试验数据进一步验证其临床适用性,相关性保持0.73且不受标本来源(原发/转移)影响。
生物学关联发现
模型揭示了血管生成与肿瘤恶性度的负相关:高级别(WHO/ISUP 3-4级)肿瘤Angioscore降低40%(p<3.67×10-7),晚期(Ⅲ/Ⅳ期)肿瘤较早期血管密度下降35%。特别值得注意的是,BAP1突变肿瘤血管评分(4.9)显著低于野生型(9.4),而PBRM1突变影响不显著,这与基因工程小鼠模型结论一致。生存分析显示,按TCGA衍生阈值(10.3/5.6)分层,三组患者5年生存率差异达3倍(HR=6.9)。
临床预测性能
在145例真实世界AA治疗队列中,H&E DL Angio预测进展风险的C-index为0.6,最佳阈值(2.34)组间HR达0.41(p=8.7×10-5)。IMmotion150试验数据显示,其预测舒尼替尼疗效的C-index(0.66)与RNA Angioscore(0.67)相当,远优于CD31 IHC(0.55)和MSKCC评分(0.53)。有趣的是,高血管评分患者对ICI反应率反而降低,提示该模型可能指导AA/ICI精准选择。
这项研究开创了AI驱动病理学的新范式:首次证明常规H&E切片蕴含足以预测分子特征和治疗反应的信息。相比RNA检测,该方案成本降低90%且缩短报告时间至数小时,同时通过可视化血管网络破解了AI"黑箱"难题。临床转化方面,模型已具备在OPTIC RCC等前瞻性试验中验证的条件。未来可通过整合多区域采样、免疫微环境特征等进一步提升预测效能,最终实现"一张切片指导全程治疗"的精准医学愿景。
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