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研究人员针对绵羊 CD36 基因内 Ov-ERV-R13-CD36 开展研究，发现其与肥胖及脂肪性状相关，或可用于育种。
在生命科学的奇妙世界里，基因就像一本神秘的密码本，记录着生物的各种奥秘。内源性逆转录病毒（ERVs）作为基因组中的特殊 “居民”，一直是科学家们关注的焦点。ERVs 是古老逆转录病毒感染哺乳动物基因组后留下的痕迹，虽然它们常被视为基因组的 “寄生虫”，但实际上在基因组组织、生物进化等方面发挥着重要作用。
在绵羊的基因世界中，ERVs 同样占据着重要地位，约占基因组内容的 6.02% - 10.05%。然而，目前对于 ERVs 在绵羊经济性状方面的影响，科学家们了解得还不够深入。尤其是 CD36 基因，它在脂肪代谢、肥胖（OB）、体重（BW）和体况评分（BCS）等方面有着重要作用，但 CD36 基因与 ERVs 之间的关系，以及这种关系对绵羊生产性能的影响，仍是未解之谜。
为了揭开这些谜团，扬州大学的研究人员开展了一项深入研究。他们以绵羊为研究对象，聚焦于 CD36 基因内的 Ov-ERV-R13-CD36，旨在探究其与绵羊表型性状之间的关联。这项研究成果发表在《Mobile DNA》杂志上，为我们深入了解绵羊的遗传奥秘提供了重要线索。
研究人员在此次研究中运用了多种技术方法。首先，他们从国家生物技术信息中心（NCBI）的全基因组测序（WGS）数据库获取了 58 个绵羊基因组数据，包括 1 个参考基因组和 57 个非参考基因组 ，并下载了相关基因注释文件。接着，采用 RepeatMasker、Blat、bedtools 等工具进行全基因组 ERV - RIP 筛选，识别出全长 ERV 插入、进行序列比对、检测插入多态性等。同时，运用 PCR 技术对部分 ERVs 进行验证和基因分型，还通过多种生物信息学工具分析基因结构和功能。
研究结果主要围绕以下几个方面展开：
- Ov-ERV-R13-CD36 的基因定位与结构：研究发现，Ov-ERV-R13-CD36 位于绵羊 4 号染色体的 CD36 基因内，属于 β 逆转录病毒。它是一个 7930bp 的全长 ERV 插入，位于 CD36 基因的内含子 1 中，包含多个功能域，如 Group - Specific Antigen（Gag）、Protease（Pro）、Polymerase（Pol）和 Envelope（Env） 。在不同绵羊基因组中，Ov-ERV-R13-CD36 存在多态性，部分基因组有该插入，部分则为野生型。
- CD36 基因的比较基因组分析：对绵羊、山羊、牛等 9 个物种的 CD36 基因进行分析，发现其在不同物种间存在结构差异，如绵羊的 CD36 基因跨度大且转录本数量多。同时，Ov-ERV-R13-CD36 仅存在于绵羊 CD36 基因的内含子 1 中，在其他物种基因组中未被检测到。
- Ov-ERV-R13-CD36 的群体遗传学分析：研究人员从 6 个绵羊品种中随机选取 144 只个体进行 PCR 验证，结果显示该插入多态性在不同品种中分布不同。例如，Barki 品种中 RIP+/+基因型频率为 16.67%，RIP-/-基因型频率为 29.17% ；而 Rahmani 和 Romanov x Rahmani 品种则均为 RIP-/-基因型。
- Ov-ERV-R13-CD36 与经济性状的关联：分析发现，Ov-ERV-R13-CD36 基因型与绵羊的 OB/BCS 及脂肪测量值存在显著关联。Rahmani 和 Romanov x Rahmani 品种由于具有 100% 的 RIP-/-基因型，表现出较高的 OB/BCS 和脂肪含量；Barki 品种的 RIP+/+基因型频率最高，其 OB/BCS 和平均解剖脂肪重量最低。
研究结论和讨论部分指出，Ov-ERV-R13-CD36 与绵羊的肥胖及脂肪沉积性状密切相关，可作为潜在的遗传标记用于绵羊育种计划，有助于培育具有更优脂肪沉积和体况的绵羊品种。不过，该研究也存在一定局限性，未来还需进一步探究环境因素对 ERV 插入表达的影响，运用更先进的技术深入研究 CD36 基因的表达调控机制。
总体而言，这项研究为绵羊遗传育种提供了新的思路和潜在的遗传标记，在绵羊养殖产业中具有重要的理论和实践意义，为后续研究奠定了坚实基础，有望推动绵羊育种技术的进一步发展。
