突破 UTR 测序难题:创新构建轮状病毒 A 重组体助力疫苗研发新征程

【字体: 时间:2025年03月07日 来源:Applied Microbiology and Biotechnology 3.9

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  研究人员为解决轮状病毒 A(RVA)重组体重组难题,用仅含 ORF 序列构建重组体,拓宽了 RVA 疫苗抗原库。

  # 突破技术瓶颈:轮状病毒 A 重组体构建新策略推动疫苗研发进展
在婴幼儿的健康领域,有一种病毒堪称 “小恶魔”,它就是轮状病毒 A(Rotavirus A,RVA) 。作为引发婴幼儿严重肠胃炎并导致其住院的 “罪魁祸首”,RVA 在全球范围内肆意 “捣乱”。目前,虽然有 Rotarix 和 RotaTeq 这两种减毒 RVA 疫苗在发挥作用,在高收入国家能展现出 85 - 98% 的高效力,可到了非洲和亚洲的低收入国家,效力却大幅 “缩水” 至 50 - 64%。科学家们推测,RVA 毒株的高度变异性或许是导致疫苗效力降低的重要原因之一。
为了开发出更有效的疫苗,科研人员把目光投向了基于 RVA 毒株的新型疫苗研发。然而,研发之路困难重重,其中临床相关的人类 RVA 毒株在细胞培养中复制能力差,成为了 “拦路虎”。后来,基于质粒的反向遗传学系统的出现,让大家看到了希望,它能助力生成含人类 RVA 抗原的重组轮状病毒。但这个系统也有个 “小脾气”,它需要完整的基因组片段序列信息,尤其是难以测序的非翻译区(Untranslated Regions,UTR)序列,可目前序列数据库中大多只有开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)序列,这又给研发工作带来了新的阻碍。

在这样的背景下,德国联邦风险评估研究所(German Federal Institute for Risk Assessment)的 Roman Valusenko - Mehrkens、Reimar Johne 和 Alexander Falkenhagen 等研究人员挺身而出,决心攻克这一难题。他们开展了一项极具创新性的研究,旨在探究仅利用人类 RVA 的 ORF 核苷酸序列,能否成功构建出人类 - 猿猴重组体。研究成果发表在《Applied Microbiology and Biotechnology 》杂志上,为 RVA 疫苗研发领域带来了新的曙光。

研究人员开展此项研究时,用到了几个关键技术方法。首先是基于质粒的反向遗传学技术,利用该技术构建重组病毒;其次是定量 RT - PCR 和 RT - PCR 技术,用于 RNA 提取及分析,以此来确认生成病毒的身份;最后是序列比对和蛋白质结构分析技术,通过这些技术对相关序列和蛋白质结构进行深入研究。

下面来看看具体的研究结果:

  • 重组体的生成:研究人员构建了多种质粒,这些质粒包含人类 RVA 的 VP7 - ORF 核苷酸序列,两侧则是猿猴 RVA 菌株 SA11 的 UTR 序列。通过基于质粒的反向遗传学系统进行实验,结果发现,在实验的多种菌株中,含有 Moz60a、Moz308、GR10924 或 Zmb5 的 VP7 - ORF 且两侧为 SA11 UTRs 的重组体能够成功生成并复制,而含有 Caf29 或 Uga8 的 VP7 - ORF 且两侧为 SA11 UTRs 的重组体则未能成功生成。这表明,原则上人类 RVAs 的 VP7 编码基因组片段的 UTR 可以被猿猴 SA11 的 UTR 替代,但重组体的生成存在一定限制。
  • 点突变的影响:对未能成功生成重组体的 Uga8 和 Caf29 菌株进行深入分析,研究人员发现它们的 VP7 序列存在不寻常的氨基酸替换。通过定点突变技术,将 Uga8 中导致异常氨基酸替换的 T656C 突变进行修正后,成功生成了重组体;然而,修正 Caf29 中相应突变 C84G 后,仍未能生成重组体。这说明 Uga8 中特定的点突变是导致重组体无法生成的原因之一,而 Caf29 中导致重组体生成失败的原因更为复杂。
  • 重组体的特性:对部分成功生成的重组体进行生长曲线和噬菌斑大小分析。结果显示,含有 Moz60a 的 VP7 - ORF 且两侧为 SA11 UTRs 的重组体,其复制动力学与含有原始人类 RVA UTRs 的重组体高度相似;含有 Uga8T656C的 VP7 - ORF 的重组体与 rSA11 相比,复制能力无明显差异;而含有 Zmb5 的 VP7 - ORF 的重组体复制速度明显较慢,且诱导产生的噬菌斑也明显较小。

综合研究结论和讨论部分,这项研究意义重大。研究表明,在利用反向遗传学方法构建 VP7 编码基因组片段重组体时,完整的 UTR 序列信息并非必不可少,猿猴 RVA 的 UTR 可替代人类 RVA 的 UTR,且多数情况下能产生有活力的重组体,这成功拓宽了潜在的下一代 RVA 疫苗菌株的抗原库。不过,研究也发现,重组体的生成可能会受到潜在测序错误或内在重组限制的阻碍。未来,进一步深入探究这些限制因素,将有助于更高效地开发出新型、更有效的 RVA 疫苗,为全球婴幼儿的健康保驾护航。
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