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为探究免疫相关分子在桥本甲状腺炎(HT)中的作用,研究人员经生物信息分析,发现 BTK 或为 HT 潜在生物标志物。
桥本甲状腺炎(Hashimoto’s thyroiditis,HT)是一种常见的自身免疫性甲状腺疾病,就像身体里的免疫系统 “认错了人”,把甲状腺当成了敌人,不断发起攻击。患者的甲状腺会出现弥漫性肿大,大量淋巴细胞涌入 “捣乱”,还会产生甲状腺特异性自身抗体。而且,女性患病的概率比男性高 5 到 10 倍。目前,HT 的诊断主要依靠临床症状、甲状腺功能检查以及甲状腺超声等,但这些方法并不够精准,容易和其他甲状腺疾病混淆。同时,HT 的发病机制也尚未完全明确,现有的治疗手段也存在局限性,大多只是对症治疗,患者往往需要终身服药,药量控制不好还会引发心血管疾病等问题。所以,寻找新的诊断标志物和治疗靶点迫在眉睫。
江苏大学附属医院等机构的研究人员为此展开了深入研究,相关成果发表在《BMC Immunology》杂志上。这项研究意义重大,若能找到 HT 的关键免疫相关生物标志物,不仅能提高诊断的准确性,还可能为开发新的免疫治疗方法提供方向。
研究人员运用了多种关键技术方法。首先,从 GSAHuman 数据库和 GTEx 数据库收集 HT 患者和正常对照(NC)的转录组测序数据,经过预处理和批次效应消除,整合生成新数据集 NGS;从 NCBI 数据库获取验证集数据,从 ImmPort 数据库获取免疫相关基因(IRGs)。然后,利用‘limma’包筛选差异表达基因(DEGs),通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析探究 DEGs 功能。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定与 HT 相关的关键模块,运用两种机器学习算法(LASSO 和 RF)筛选潜在生物标志物。招募 HT 患者和健康对照者,采集血清和外周血单核细胞(PBMCs),用定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)验证基因表达,通过受试者工作特征(ROC)曲线评估诊断效能,借助 CIBERSORT 算法分析免疫细胞浸润情况。
研究结果如下:
- 数据处理与 DEGs 鉴定:研究人员整合、处理数据后,共鉴定出 15426 个 DEGs,其中 1055 个显著上调,346 个显著下调。
- DEGs 的 GO 和 KEGG 分析:GO 富集分析显示,DEGs 主要参与 T 细胞激活等生物学过程,与细胞外膜等细胞成分相关,具有免疫受体活性等分子功能。KEGG 通路分析表明,DEGs 涉及 24 条信号通路,主要集中在免疫相关通路,如 T 细胞受体信号通路等。
- HT 中免疫相关基因的鉴定:WGCNA 分析确定了与 HT 相关性最高的蓝色模块,通过与 DEGs、IRGs 取交集,得到 192 个免疫相关基因。
- 机器学习筛选免疫相关生物标志物:运用 LASSO 和 RF 算法对 192 个基因进行分析,筛选出 BTK 和 CD19 两个潜在的免疫相关生物标志物。
- 筛选基因的 ROC 曲线分析:在 NGS 和 GSE138198 数据集进行 ROC 曲线分析,结果显示 BTK 和 CD19 在区分 HT 患者和正常对照方面有一定价值,且 BTK 的诊断价值更高。
- 筛选基因的验证:扩大样本量进行 qRT-PCR 验证,发现 HT 患者 PBMCs 中 BTK 的转录水平显著升高,而 CD19 无明显差异,进一步证实 BTK 可能是 HT 潜在的免疫相关生物标志物。
- BTK 表达与临床参数的关系:BTK 表达与血清中抗甲状腺球蛋白抗体(TgAb)和抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)水平呈显著正相关,与其他甲状腺功能指标无明显相关性。
- BTK 与免疫细胞的相关性分析:CIBERSORT 算法分析发现,HT 患者体内多种免疫细胞比例失衡。进一步研究表明,BTK 表达与浆细胞、M1 巨噬细胞等呈正相关,与 M0 巨噬细胞等呈负相关,提示 BTK 可能通过调节免疫细胞参与 HT 发病机制。
研究结论和讨论部分指出,研究人员通过整合现有转录组数据和多种生物信息学方法,成功筛选出 BTK 作为 HT 潜在的免疫相关生物标志物。BTK 可能通过调节浆细胞参与 HT 的发病过程。然而,该研究也存在一些局限性,如验证 BTK 和 CD19 水平的样本量较小,且仅在汉族人群中进行验证,无法代表所有种族;对 BTK 与浆细胞关系的研究仅为初步分析,详细机制还需进一步探索。尽管如此,这项研究仍为 HT 的诊断和治疗开辟了新的方向,未来有望基于 BTK 开展更多深入研究,开发出更有效的诊断方法和治疗策略。
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