通过高通量测序技术绘制基因表达图谱，可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化，但是这仅仅是基因表达
的一个“快照”，无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq，即thiol(sh)-linked alkylation for the
metabolic sequencing of RNA，可以理解为“S4
U烷基化RNA代谢测序技术”，可观察转录的实时情况和特征。通过研发
成熟的代谢RNA标记方法和高通量测序技术，SLAM-seq能从单核苷酸水平上检测整合到总RNA中的核苷类似物4-硫尿
苷(S4
U)，绘制RNA聚合酶II依赖性的基因表达动态，是一种操作性强、稳定、可靠的基因表达调控机制研究方法。 |
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 技术应用
- 检测新生RNA转录水平的变化
- 研究RNA半衰期与稳定性变化
- 系统鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化
- 深入研究基于转录调控机制
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送样要求
样本类型：1. SLAM细胞量，大于等于2.5x 105
2. 组织样本，质量≥ 100mg
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
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技术原理
向合成中的mRNA链中掺入4-thiouridine (S4
U)，使原本的碱基T被S4
U修饰，从而在反转录中被错认为C，导致原本
应该为碱基A的位置错配成为G。通过测序分析这些错配的G，就可以对新合成mRNA或其他longRNA进行直接的定量。
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图1. SLAM-seq技术流程[1]
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分析内容
- 序列比对
- 文库质控
- Mapped Reads过滤
- 背景T>C SNP校正
- mRNA或longRNA*差异表达分析
- 靶基因GO富集分析
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- 7. 靶基因KEGG富集分析
- 8. mRNA或longRNA转录本水平T>C counts计数与表达量化
- 9. mRNA或longRNA转录本水平Total reads计数与表达量化
- 10. mRNA或longRNA稳定性分析（时间序列样本）
- 11.
mRNA或longRNA半衰期计算（时间序列样本）
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* longRNA包括mRNA、lncRNA 和circRNA，客户可选择mRNA分析或longRNA全套分析。 |
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表观生物实测数据
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图1. Slam-seq建库质控（检测T›C
和A›G转化是否明显升高）
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图2. 所有转录本整体稳定性分析
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图3. 不同类型转录本稳定性比较分析
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图4. 单个基因的稳定性分析
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图5. 单个基因T>C突变查看（蓝色为T>C突变的碱基）
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案例：Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病[2]
本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达，在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作
用。研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2，再进行meRIP-seq，发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的
m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制，研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期，证实m6A修饰使这
些基因的半衰期延长了。
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利用SLAM-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组半衰期。
E，衰减曲线显示敲降组的mRNA半衰期稍微增长。
G，YTHDF2的缺失，使含m6A修饰mRNA半衰期进一步增长
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参考文献
[1]. Herzog V A, Reichholf B, Neumann T, et al. Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics[J]. Nature methods, 2017, 14(12): 1198.
[2]. Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in Acute Myeloid Leukemia
[J]. Cell stem cell, 2019.
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