meRIP-seq同时检测mRNA、lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱，是表观转录组学研究的关键技术。
| 基本分析内容 | 高级分析内容 | |
| 1. Peak Calling 分析 | 7.2 reads 在基因元件的分布 | RNA-seq表达差异与m6A修饰差异关联分析 |
| 5、Peak 可视化 | 7.3 Peak 关联基因的特征 | RNA可变剪切与m6A修饰差异关联分析 |
| 6、Peak 统计分析 | 8、差异peak 分析 | 翻译组RIBO-seq翻译差异与m6A修饰差异关联分析 |
| 7、m6A 的基本特征 | 9、差异peak关联基因GO，KEGG分析 | |
| 7.1 peak 在基因元件的分布 | 10、 motif分析 | |
SLAM-seq揭示RNA半衰期与稳定性的变化，适用于转录后调控水平的研究
| 分析内容 | |
| 背景T>C SNP校正 | mRNA或longRNA转录本水平Total reads计数与表达量化 |
| mRNA或longRNA*异表达分析 | mRNA或longRNA稳定性分析 |
| 靶基因GO、KEGG富集分析 | mRNA或longRNA半衰期计算 |
| mRNA或longRNA转录本水平T>C counts计数与表达量化 | longRNA包括mRNA和lncRNA，客户可选择mRNA分析或longRNA全套分析。 |
Ribo-seq从基因组水平检测蛋白质的翻译状况，了解蛋白质翻译速度情况
| Ribo-seq组基本分析 | 对照longRNA-seq分析 | |
| 1、全基因组翻译活性分析 | 7、ORF（开放阅读框）位置预测 | 1、数据质控 |
| 2、基因翻译效率计算 | 8、新蛋白/新短肽鉴定 | 2、基因比对与统计 |
| 3、差异翻译效率基因分析 | 9、lncRNA的编码能力预测 | 3、mRNA差异表达分析 |
| 4、差异翻译效率基因分析GO分析 | 10、密码子使用频率及差异分析 | 4、lncRNA差异表达分析 |
| 5、差异翻译效率基因KEGG分析 | 11、lncRNA/circRNA编码能力预测 | 5、差异基因GO分析 |
| 6、起始密码子预测（包括非ATG起始） | 6、差异基因KEGG分析 | |
| 7、circRNA差异表达分析 | ||
Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病
meRIP联合SLAM-seq、Ribo-seq，深入RNA修饰调控机制
本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达，在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作用。
利用RIBO-seq检测两个组的蛋白翻译效率
原文：Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in AcuteMyeloid Leuke-mia. Cell Stem Cell. 2019 Jul 3;25(1):137-148.e6.