2012年8月1日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至19.0版
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       2012 年8月1日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至19.0版。与以往的数据库相比,miRBase 19.0更新了大量数据:miRNA发夹前体序列新增3171条,总数升至21264条;成熟miRNA新增3625条,总数升至25141条;miRBase 19.0版报道的所有物种新增25个,总数升至193个。并且新版数据库对miRNA序列注释和命名法进行了系统的修正,彻底取消了miR*命名法,而以-5p和-3p的命名法取代之。
       相比于miRBase 18.0版,最具代表性的Homo sapiens [人]、Mus musculus [小鼠]、 Rattus norvegicus [大鼠] 成熟miRNA数量有较大改变。Homo sapiens [人] 成熟miRNA新增123条,删除了2条,名称不变但序列改变的有2条,序列不变但名称改变的有36条;在Mus musculus [小鼠]中,成熟miRNA新增129条,删除了5条,名称不变但序列改变的有2条,序列不变但名称改变的有41条;在Rattus norvegicus [大鼠]中,成熟miRNA新增44条,删除1条,序列不变名称改变的有477条。

表一 miRBase 19.0 新增物种列表

物种缩写

全名

中文名

CCA

Cynara cardunculus

刺苞菜蓟/朝鲜蓟

CCR

Cyprinus carpio

DPR

Digitalis purpurea

洋地黄紫

EGU

Elaeis guineensis

油棕

HAN

Helianthus annuus

向日葵

HAR

Helianthus argophyllus

向日葵

HBR

Hevea brasiliensis

橡胶树

HCI

Helianthus ciliaris

向日葵

HCO

Haemonchus contortus

捻转血矛线虫

HEX

Helianthus exilis

向日葵

HHI

Hippoglossus hippoglossus

庸鲽

HPA

Helianthus paradoxus

向日葵

物种缩写

全名

中文名

HTU

Helianthus tuberosus

菊芋

MES

Manihot esculenta

木薯羊肚菌

MJA

Marsupenaeus japonicas

对虾粳稻

MSE

Manduca sexta

烟草天蛾

NTA

Nicotiana tabacum

烟草

PDE

Pinus densata

高山松

POL

Paralichthys olivaceu

牙鲆

STU

Solanum tuberosum

马铃薯

TUR

Tetranychus urticae

二斑叶螨

VRL

Bovine leukemia virus

牛白血病病毒

VRL

Human herpesvirus 6B

人类疱疹病毒6B

VRL

Pseudorabies virus

伪狂犬病病毒


图一 各版本成熟miRNA数量
人、小鼠、大鼠miRNA数量





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