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Arraystar大鼠LncRNA表达谱芯片V2.0

简介

       Arraystar近期更新大鼠LncRNA表达谱芯片至V2.0。该芯片共包含13,611个lncRNAs，对所有权威公共数据库(例如Refseq, Ensembl和lncRNAdb)和经典文献中的lncRNA进行了全面的收集。该芯片也能够同时检测24,626个蛋白编码mRNA的表达变化。

产品描述

       大鼠是用来研究人类疾病和生理机能的重要模式生物。为了更好的检测大鼠中LncRNA的整体表达变化，Arraystar大鼠lncRNA表达谱芯片V2.0在之前的版本基础上对lncRNA进行了更新，V2.0芯片具有两大创新点：

1. LncRNA的及时收集和严格筛选
       从2011年发布V1.0大鼠lncRNA表达谱芯片至今，LncRNA来源的公共数据库已经进行了更新。这些数据库包括NCBI Refseq, Ensembl 5.0.79, 和lncRNAdb。除此之外，也包含未被公共数据库收录，但最近被多个实验室证实的T-UCRs。最重要的是，通过设计一种严格的计算方法进行筛选，可以对及时更新的数据库和文献中的LncRNA进行更加可靠的鉴定和收集。

2. 简明系统的LncRNA分类
       在Arraystar大鼠V2.0芯片中，根据LncRNAs在基因组里相对于附近蛋白编码基因的位置关系，可以将lncRNA分为5个子类 (Intergenic, Bidirectional, Intronic, Antisense和Sense-overlapping)。与V1.0相比，新的分类系统更加简洁、科学、精确，可以帮助研究者确定任何lncRNAs和临近蛋白编码基因的预测功能关系。

优势

• 检测lncRNA表达量灵敏度高、技术最成熟：LncRNA表达水平比mRNA低，芯片比
  RNA-seq更适合对低丰度RNA分子的检测。

• LncRNA更新最及时，覆盖最全面：对最新的公共转录组数据库中的LncRNAs进行广
  泛的收集，包括RefSeq [1], Ensembl [2], lncRNAdb [3]数据库和权威期刊[4-8].

• 可靠的LncRNA收集：利用严格的计算方法，从数据库和经典文献中筛选更加可靠的
   LncRNAs分子。

• 转录本特异性检测：设计转录本特异性探针，可精确检测同一基因的多个转录本异构体。

• 系统的LncRNA子类分析：Arraystar 将LncRNAs分为5个子类 (Intergenic, Bidirectional,
   Intronic, Antisense和Sense-overlapping) 来帮助研究者确定任何lncRNAs和临近蛋白编码
   基因预测得到的功能关系。 		 

芯片规格

探针总数

38,237

探针长度

60 nt

设计探针的区域

在转录本全长序列中选择特异性外显子或剪切连接位点区域设计探针

探针特异性

转录本特异性

标记方法

通过利用高效的标记系统，对反义RNA的全长进行Cy3或Cy5标记，没有3’序列偏好性；对完整或部分降解的RNA样品都可进行灵敏、高效的标记

编码蛋白的转录本 (mRNAs)

24,626

LncRNAs

13,611

可转录的假基因

2,140

具有开放阅读框的LncRNAs

1,428

LncRNA来源数据库

收录的LncRNA主要来自于：
及时更新的数据库：NCBI Refseq[1], Ensembl 5.0.79[2], lncRNAdb[3];
相关文献[4-8]：T-UCRs，进化上保守的 LncRNAs

mRNA来源数据库

收录的mRNA主要来自于：
NCBI Refseq[1], Ensembl 5.0.79[2]

芯片规格

4 x 44K

参考文献

1. Pruitt, K.D., T. Tatusova, and D.R. Maglott, NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence database
    of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res, 2005. 33(Database issue): p. D501-4.
2. Cunningham, F., M. R. Amode, et al., Ensembl 2015. Nucleic Acids Res 2015 43(Database issue): D662-669.
3. Amaral, P.P., et al., lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Res, 2011. 39(Database issue):
    p. D146-51.
4. Bejerano, G., et al., Ultraconserved elements in the human genome. Science, 2004. 304(5675): p. 1321-5.
5. Rinn, J.L., et al., Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell,
    2007. 129(7): p. 1311-23.
6. Mercer, T.R., et al., Specific expression of long noncoding RNAs in the mouse brain. Proc Natl Acad Sci U S A, 2008. 105(2):
    p. 716-21.
7. Guttman, M., et al., Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature,
    2009. 458(7235): p. 223-7.
8. Benson, D.A., et al., GenBank: update. Nucleic Acids Res, 2004. 32(Database issue): p. D23-6.

康成生物独家提供技术服务

       康成生物国内独家提供Arraystar LncRNA芯片全程优质技术服务；目前康成客户LncRNA芯片研究文章已达180余篇，其中多篇发表在国际顶尖杂志Cancer Cell, Molecular Cell, Hepatology等上。

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