ceRNA—竞争性内源RNA

       mRNA或ncRNA上存在可被miRNA结合的区域，即MREs功能元件，包含同源MREs的RNA分子可竞争性的结合miRNA。已知miRNA可通过结合靶基因导致基因沉默，所以ceRNA可以通过竞争性地结合miRNA来调控靶基因的表达^[1]。

       目前，单一的mRNA或ncRNA研究已不能满足科研需求，结合多种RNA信息进行ceRNA联合分析，探究其潜在的调控网络机制已成为解释生物学现象的利器！

三、全转录组测序怎么做？

       全转录组测序即应用RNA-seq技术，通过构建两种文库—小RNA文库和去核糖体的链特异性文库，可一次性分析4种RNA (miRNA，lncRNA，mRNA，circRNA) 信息。

全转录组测序信息分析流程 ceRNA互作调控网络[2]

3.2 研究思路 全转录组测序研究思路

1）确定研究对象
      对照组&处理组；健康组&疾病组；癌组织&癌旁组织……
2）应用RNA-seq获得4种RNA数据
3）筛选差异表达的mRNA，lncRNA，miRNA，circRNA
4）构建ceRNA调控网络，筛选ceRNA-mRNA调控pairs
5）QRT-PCR验证其表达量相关性
6）ceRNA调控关系验证
      a. 从蛋白水平、RNA水平等验证ceRNA对靶标基因的作用；
      b. 分析miRNA结合位点，ceRNA-miRNA调控关系；
7）功能验证
      a. 细胞水平：细胞增殖，细胞凋亡及周期变化，肿瘤转移等；
      b. 分子水平：Western Blot和免疫组化，siRNA干扰/过表达载体，免疫沉淀（IP）等；
      c. 动物实验：构建动物模型，肿瘤模型；
      d. 临床层面：检测动物表型及生化指标变化，术后恢复情况。

        实践是检验真理的唯一标准，文章是总结思路的一大法宝！近期发表在Nature communications的两篇文章，分别以lncRNA，circRNA为主要研究点，结合mRNA，miRNA数据进行ceRNA分析，探究其调控机制。

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四、参考文献

[1] Thomson DW, Dinger ME. Endogenous microRNA sponges: evidence and controversy[J]. Nat Rev Genet, 2016, 17(5): 272-283.
[2] Huang M, Zhong Z, Lv M, et al. Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma[J]. Oncotarget, 2016.
[3] Du Z, Sun T, Hacisuleyman E, et al. Integrative analyses reveal a long noncoding RNA-mediated sponge regulatory network in prostate cancer [J]. Nature communications, 2016, 7.
[4] William RJ, Jessica SR, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs [J]. Nature communications, 2016,4.