报告题目：Latest update of PacBio HiFi sequencing

Abstract：Recent improvements in sequencing chemistry and instrument performance combine to create a new PacBio data type of highly accurate long reads – HiFi reads.  These reads have the accuracy comparable to short read NGS but with 50-100 times longer read length.  This technical improvement has resulted in overwhelming enthusiasm from the scientific community.  HiFi has become the go-to technology for genomic research as evidenced by adoption by many high profile international projects.  In this presentation I will highlight what advancement this technology has rendered in rare disease research with whole genome approach, targeted disease gene sequencing, biodiversity, and single cell RNA sequencing.  

Jonas Korlach，PacBio CSO
Dr. Jonas Korlach is Chief Scientific Officer at Pacific Biosciences. He co-invented the company’s SMRT technology with Stephen Turner, Ph.D., Pacific Biosciences Founder and Chief Technology Officer, when the two were graduate students at Cornell University. SMRT technology dramatically improves the accuracy and speed of DNA sequencing. Dr. Korlach joined Pacific Biosciences as the company's eighth employee in 2004. Dr. Korlach is the recipient of multiple grants, an inventor on 33 issued U.S. patents, and an author of numerous scientific studies on the principles and applications of SMRT technology, including publications in Nature, Science, and PNAS. He received both his Ph.D. and his M.S. degrees in Biochemistry, Molecular and Cell Biology from Cornell, and received M.S. and B.A. degrees in Biological Sciences from Humboldt University in Berlin, Germany.

（暂定）报告题目：Mako: a graph-based pattern growth approach to detect complex structural variants

摘要： TBD
叶凯，西安交通大学
叶凯教授本科和硕士分别毕业于武汉大学生命科学学院和药学院，于荷兰莱顿大学（Leiden University）毕业获博士（cum laude）学位；博士后阶段师从Rolf Apweiler 教授，在欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）实现生物信息学研究对象从蛋白质序列到基因组的转变。其后，分别在荷兰莱顿大学医学中心（Leiden University Medical Center）和美国圣路易斯华盛顿大学基因组研究所（The Genome Institute at Washington University in St. Louis）任助理教授，开发了以Pindel、MSIsensor为代表的系列基因组变异检测方法，受邀参加千人基因组（The 1000 Genomes Project）、肿瘤基因组路线图计划（The Cancer Genome Atlas, TCGA）等多项国际基因组项目。2016年初，叶凯教授全职回国，在西安交通大学电信学部组建信息学与生命科学相结合的交叉学科团队，继续深入研究结构变异的检测、表征和功能。叶凯教授已发表58偏SCI论文；其中29篇为近5年发表，以主要作者发表10篇。近5年5篇代表性论文发表于Science，Nature Medicine，Nature Communications，Genome Research，GPB。

报告题目：黑麦基因组组装与解析
A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes

摘要：栽培黑麦(Secale cereale L. )属于禾本科小麦族黑麦属，是极具抗病、抗寒、抗旱和耐瘠薄的粮食与饲料作物。黑麦是小麦和小黑麦改良的重要遗传资源，也是小麦族比较基因组学研究的重要材料。黑麦基因组为7.9Gb，比乌拉尔图小麦(AA)、粗山羊草(DD)和大麦(HH)大1.5倍以上，并且转座子元件占基因组的90%以上，远高于小麦族的其他物种，庞大且复杂的基因组已经严重制约了黑麦基因组解析的进程。该报告将详细介绍黑麦基因组组装注释的故事，并以此为基础对黑麦基因组演化特征、淀粉合成基因、储存蛋白基因以及抽穗期相关基因的功能解析，以及栽培黑麦驯化分析等相关研究工作进展。

李广伟，河南农业大学农学院
先后获得中科院百人计划（2011）、基金委优青基金（2017）、北京市杰出青年基金（2018）和国家杰出青年基金（2020）。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位，在此期间获“中国科学院院长特别奖”和“国家海洋科学技术奖一等奖”。2006年7月至2010年12月在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心，从事计算生物学和基因组学研究工作。2011年被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员。现任中科院北京生科院科研部副主任、技术平台部主任、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会副主任。在Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology、Medicine in Microecology和Hereditas等国际学术刊物担任副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术，探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律，以期解析它们与人类健康和疾病的关系。在Cell、Gut、Nature Communications、Genome Biology、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇，平均影响因子超过12；论文总引用次数超过6000次（H-index 38），其中多篇入选ESI高被引论文；连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”（2017，2018，2019）。

报告题目：PacBio SMRT技术在探索青贮发酵机制和开发高品质调制技术中的应用
Using Pacbio SMRT technology to explore the fermentation mechanism and develop high-quality preparation technology related to silage

摘要：为有效利用木本植物资源制备反刍动物青贮饲料，应用Pacific Biosciences（PacBio）单分子实时（SMRT）测序技术，探究玉米粉和米糠等外源添加剂对构树青贮饲料微生物网络和发酵特性的影响。
方法与结果：构树营养丰富，干物质中粗蛋白含量超过26%。青贮后，由于厌氧环境和酸性条件，构树、玉米粉和米糠中微生物的多样性和丰度下降。添加玉米粉组构树青贮饲料加速了优势微生物群落从有害细菌向乳酸菌的转化，并促进了乳酸发酵。当使用米糠处理构树青贮饲料时，肠杆菌属和梭菌属在青贮过程中成为主要细菌群落，导致丁酸发酵和蛋白质分解。与米糠相比，玉米粉增加了发酵底物的量，改变了微生物群落结构，影响了代谢途径（全局代谢、碳水化合物代谢和氨基酸代谢），从而改善了构树青贮饲料的风味和品质。结论：添加玉米粉提高了构树青贮的发酵质量，构树与玉米粉混合是理想的组合。SMRT测序技术可以准确获取微生物网络和发酵特征的具体细节，从而我们的结果表明构树可用作动物生产中潜在的高蛋白青贮饲料。

杜珠梅，中国农业大学
女，蒙古族，1993年生，内蒙古赤峰人，现于中国农业大学攻读博士学位（2018届，三年级）。2015年获得内蒙古民族大学草业科学学士学位，2018年获得内蒙古农业大学草业科学硕士学位，2018年至今于中国农业大学攻读博士学位。2019.10-2021.04在日本国际农林水产业研究中心从事访问研究。本、硕、博期间致力草学领域学习研究不改的初心，主要研究方向为草生产与加工利用。在博士学习期间，他师从“万人计划”科技领军人才杨富裕教授，坚持夯实草学学科及研究方向交叉领域的基础理论和系统深入的专业知识，开展构树、饲料桑、辣木等新型饲草料青贮发酵理论研究，并参与优质饲草料产品、高效青贮发酵剂开发利用技术攻关。
在研究生期间，发表学术论文28篇，其中SCI论文9篇，中文论文7篇，国际会议论文12篇；主导2项专利（第一发明人1篇，第二发明人1篇）设计与申请；获2017年研究生国家励志奖学金、内蒙古农业大学2017年大学生年度人物、博士二等学业奖学金等荣誉奖励。 参与“十三五”重点研发计划项目—优质饲草供给及草畜种养循环关键技术研发、现代农业产业技术体系建设项目—燕麦荞麦—饲草及副产物综合利用、农业技术试验示范与服务支持项目、构树饲用指南标准制定等项目。

13:00-13:30

13:30-13:40

开幕致辞

13:40-14:10

Latest update of PacBio HiFi sequencing

Jonas Korlach
PacBio首席科学家

PacBio

14:10-14:40

黑麦基因组组装与解析
A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes

李广伟

河南农业大学农学院

14:40-15:10

PacBio SMRT技术在探索青贮发酵机制和开发高品质调制技术中的应用
Using Pacbio SMRT technology to explore the fermentation mechanism and develop high-quality preparation technology related to silage

杜珠梅

中国农业大学

15:10-15:30

茶歇

15:30-16:00

（TBD）Mako: a graph-based pattern growth approach to detect complex structural variants

叶凯

西安交通大学

16:00-16:30

（TBD） An integrated Asian human SNV and indel benchmark established using multiple sequencing methods.

黄杰

国家食品药品监督管理局

16:30-16:45

安捷伦产品相关报告

TBD

16:45-17:15

测序技术与样本质控

赵黎明