完善的基因芯片应具备的重要性质，在Affymetrix芯片上一
一体现：
好的特异性：Affymetrix基因芯片上的每一个基因或EST都是由16-20对25mer的探针组成。探针组中的每一段都是根据该基因特异性最高的部位设计。从多个探针位点检测的荧光信号，经过综合评估、统计计算和分析，获得的数据比单个探针判断样品是否存在某一靶序列的数据更为可靠。
高的灵敏度：可以检测低丰度表达的基因。Affymetrix提出了PM－MM探针组设计方案，其中一个完全匹配（perfect
match PM），另外一个是序列中间有一个碱基错配的（mismatch MM）；MM探针是有效的内参照，它们与PM探针一样可以和非特异性序列结合，这样，就可以将不同来源的样品中的背景信号有效的定量扣除。
广泛的应用领域：Affymetrix基因芯片在理论研究领域的基因表达检测、遗传疾病机理、肿瘤的发生机理肿瘤分型中发挥着重要作用。在药物筛选、毒理学、药物基因组学等应用研究中同样发挥着重要作用。
环环相扣的设计理念令Affymetrix芯片在结果的准确性、可重复性方面独占鳌头，用Affymetrix芯片获得的实验结果在全球范围内均具可比性，最大限度的实现科研的全球一体化。
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