主要优点:

1. 对未知蛋白质的鉴定更准确，成功率更高
2. 不需要使用内标和经常性的校正
3. 10-15 mol样品即可完成检测，且线性区更宽
4. 检测效率更高
5. 单一的整合式软件平台
6. 采用MALDIchip™一次性样品靶板降低了样品交叉污染的可能性
7. 采用各种靶板适配器可完成多种功能表面分离纯化蛋白质的直接分析

主要特性:

1. 在更宽的分子量范围内提高了分子量测定的准确性(<10ppm)和分辨率(>10-15K），提高了肽段间的质量分辨率和对蛋白质混合物的区分能力。
2. 卓越的分辨率——通过离子碰撞冷却技术使离子聚焦到O-TOF探测器，因此减少了离子能量的扩散，使由初始速度分散引起的峰宽得到校正（变为窄峰），这使得离子质量测定的分辨率得以提高。
3. 质谱分辨率对于整块质谱靶板以及靶板上靶点与靶点之间具有相当的恒定性——无需内标和经常性的校正。
4. 最小限度的参数设置和设备校正——方便设置以及进行日常工作和维护。
5. 在整个分子量范围内，具有外部标准分子量校正曲线(分子质量稳定性：外标法于8小时内<10ppm，内标法1-3 ppm)。
6. 对质谱靶板的兼容性较好——兼容可重复使用的不锈钢靶板以及一次性使用的96, 384及1536靶点的MALDIchip靶板。
7. 采用新型的数据管理系统，使操作更为简便——包括TOFworks™，这是一个基于蛋白质鉴别工作任务的新型数据管理软件平台。
8. 自动的批处理能力 (>15000样品/天)——这由自动的分析软件和硬件的协同配合所完成。
9. 整合MALDI定位自动化系统——通过标准微孔板的条码可进行连续的自动分析处理。

PrOTOF的直角型飞行管设计技术

        prOTOF2000以直角射入方式从一个MALDI离子源将样品离子导入反射式飞行时间质谱探测器。这种设计使系统的整体性能与传统的轴向设计的MALDI-TOF系统有显著的不同：

1. 将反射式飞行时间质谱技术与直角型离子射入方式相结合，使本系统在相当宽的分子量范围下均具有极佳的分辨率。
2. 对于分子量更大的完整蛋白也具有极佳的分辨率，这使系统对于宽分子量范围的蛋白质组学研究尤其具有重要的价值（例如疾病标识蛋白和药物靶标蛋白的鉴别研究）。

O-TOF设计调节离子碰撞冷却
        离子碰撞冷却使离开MALDI离子源的离子进行聚焦，这种平衡作用使离子进入质谱探测器（TOF）后的初始能量扩散减少，峰宽变窄而提高分辨率。离子碰撞冷却通过减少能量扩散，同时起到了提高检测灵敏度的作用。 

O-TOF系统可选择使用多种规格的一次性靶板
        传统的MALDI靶板由不锈钢制成，为减少样品表面的误差，其表面经过严格规范的抛光处理，这对于一个轴向设计的飞行时间质谱系统是十分必要的，因为甚至是靶板表面细微的形状差异都能够影响质谱的分析。实验室通常是采用反复地清洁来使用这些靶板，这就带来了标本之间产生交叉污染的机会。另外，这样就不可能保留标本以备进一步的分析。
        prOTOF飞行管的直角型设计使采用多种靶板成为可能，这就为使用标准化的样本制备提供了方便的途径，并且，最大限度减少了在使用旧的靶板时交叉污染的可能性，同时，也方便贮存最近检测过的标本以备进一步分析。传统的不锈钢靶板也能够在prOTOF上使用。

O-TOF系统简化了复杂的系统调校
        轴向设计的MALDI-TOF系统通过延迟检测来提高质谱分辨率，然而，优化电压、延迟时间等检测参数是复杂和困难的，同时，这些参数必须经常修改。多个检测参数之间是相互影响的，并且，这些参数与质量密切相关。这就使得系统优化只适用于较窄的分子量范围。
直角型设计的飞行时间质谱不需要延迟检测，因此无需进行这类复杂的调校，因此系统在较宽的分子量范围上能有稳定的良好表现。

O-TOF系统无需内标
        传统的轴向设计的质谱系统因不稳定而经常需要采用内标来确认检测的稳定性，然而，prOTOF质谱系统的分析不依赖于样品靶板的位置和样本的表面形状，因此，能获得稳定和准确的检测效果，这对于允许用户使用外标来校准系统尤其显得重要。这样还可以减少样品间交叉污染的机会，同时消除由内标尖峰所带来的样品信号抑制，使系统检测的准确性在同一靶点、靶点与靶点之间以及整块靶板上都有同样良好的表现。

PrOTOF系统构成

1. 带有冷却装置的MALDI离子源
2. 长寿命N2激光器（337nm波长）
3. 离子碰撞聚焦引导器
4. 直角型射入飞行管
5. 高性能脉冲式多阳极质谱检测器

主要特性:

1. 充分整合的多种分析功能
2. 可在显示器上实时看到样品图象
3. 可随时采用靶板浏览功能
4. 强大的质谱峰撷取运算功能
5. 可设定的ProFoundTM搜索引擎