Affymetrix表达谱芯片专题：

特异性提高
      相比cDNA芯片和单一序列对应的寡核苷酸芯片，Affymetrix通过大量的序列比对选中基因中最具特异性的区段，设计多个短的探针片段，可以有效的区分高同源性的基因序列，克服了背景噪声、错误和偏差，避免了同源性靶序列与探针交叉杂交而引起的假阳性和错误判断。
      25mer长度的寡核苷酸在控制杂交条件、获得信号强度和分辨率上达到了一个最佳平衡， 从多个探针位点检测的荧光信号，经过综合评估、统计运算和分析，获得的数据比单个探针判断样品是否存在某一靶序列的数据更为可靠。
      Affymetrix基因芯片技术使用了多段探针判断和PM-MM探针联合对应的双保险为解决芯片的特异性提出了完美的解决方案。

灵敏度提高
      在PM-MM探针设计中，MM探针是有效的内参照，它们与PM探针一样可以和非特异性序列结合，这样，就可以将不同来源的样品中的背景信号有效的定量扣除。这种独特的设计对于区分特异性和非特异性杂交是相当灵敏的。比较那些单一的基因探针来说，PM-MM探针设计的芯片结果更加准确可靠，尤其保证了低丰度表达基因的准确定量。
      如上图所示，在克隆转录产物浓度低于8pM时，PM单独探针无法探测出相应的浓度变化，而与MM探针联合使用则可以探测出。PM-MM探针对的使用可以探测出的样品中转录物的范围为1:100,000-1:300,000。PM-MM探针对照设计可提高对复杂背景特异性检测，使灵敏度和特异性达到最佳。

定量精确、重复性好
      Affymetrix基因芯片的原位光刻合成技术准确控制每一个探针的合成量，标准化的样品制备过程，以及电脑精细自动化控制芯片的杂交、洗涤及扫描，以稳定的荧光信号实现真正的定量检测。工业化的生产标准免除芯片生产的批间差异，结合探针设计的多重保证，以精准为前提赢得最佳的重复性。

单色荧光信号适于多张芯片结果的灵活比较
      不同芯片间、不同批次样品间实验结果很好的吻合，保证了多张芯片间的比较的有效、可靠性。藻红蛋白的单色荧光信号捕获使得某一样品中基因表达的绝对水平是可靠的，还使得比较不同样品之间各种基因表达的相对比例是可靠的，而双色法需在每次杂交检测中设置对照，只能进行两个样品之间的比较，芯片之间的比较并不可靠。而且，双色法由于两种荧光素在实验过程中其背景信号强度存在显著差异，有时给样本之间的比较带来错误的判断。

Affymetrix表达谱芯片系列中的最新成员，侧重于更精确的阐明已知基因的转录活性变化，
      Human Gene 1.0 ST芯片从UCSC hg18, NCBI Build 36（March2006）、RefSeq mRNA、EMBL/EBI Ensemble和CDS GenBank数据库中挑选出28,869个已知基因，涵盖了RefSeq数据库中超过99%的基因序列。在每个基因序列不同位点选取约26个25mer长度的PM探针，一张芯片上共764,885个PM探针（不含MM探针），其中80%的探针序列与人外显子1.0 ST芯片探针序列重叠，可以检测转录本各区域的转录活性。

推荐产品：

“Gene Tech-eNews vol.3”幸运VIP会员名单如下：

更多精彩，尽在Gene Tech-eNews，敬请期待！！！！！