基于直接测序技术的喀麦隆肠道病毒多样性研究揭示罕见型别及新型EV-C119

为解决传统细胞培养法对肠道病毒(Enterovirus)多样性研究的局限性，研究人员采用无偏倚的分子检测技术，对喀麦隆临床及污水样本中的肠道病毒基因组进行直接扩增测序。研究发现81株32种型别的病毒，其中61.7%属于肠道病毒柯萨奇-脊髓灰质炎种(Enterovirus coxsackiepol)，并首次鉴定出不可培养型EV-C119新亚型。该研究为非洲地区肠道病毒流行病学提供了突破性数据。

　　

传统认知中，撒哈拉以南非洲肠道病毒的遗传多样性研究长期受限于细胞培养依赖方法。这项突破性研究另辟蹊径，直接对2018-2019年间喀麦隆采集的鼻咽拭子、粪便悬液及污水浓缩物进行RNA提取，采用Illumina高通量测序技术捕获肠道病毒(EV)全基因组。

研究团队在81个病毒株中鉴定出32个型别，呈现有趣的物种分布：肠道病毒柯萨奇-脊髓灰质炎种(Enterovirus coxsackiepol)占主导(61.7%)，其次是β-柯萨奇种(Enterovirus betacoxsackie,21%)、α-柯萨奇种(Enterovirus alphacoxsackie,14.8%)和肠道病毒D群(Enterovirus deconjuncti,2.5%)。值得注意的是，79%的毒株来自污水样本，18.5%源自粪便，而鼻咽拭子仅检出两例EV-D68。

最引人注目的发现当属那些"隐形"的病毒——研究中检测到多个难以用常规细胞系培养的EV-C型毒株，包括被正式命名为EV-C119的新亚型。这些结果生动诠释了传统病毒分离与无培养偏倚的分子方法的完美互补，如同为肠道病毒世界装上广角镜头，首次清晰捕捉到非洲病毒谱系中那些曾被忽略的"暗物质"。