基于PPI网络分析、虚拟筛选与分子动力学模拟发掘天然TNF-α抑制剂治疗类风湿性关节炎的创新策略

研究人员通过蛋白互作网络(PPI)分析锁定TNF-α作为类风湿性关节炎(RA)关键靶点，从印度药用植物数据库17,967种化合物中虚拟筛选出潜在先导分子Cassamedine，结合密度泛函理论(DFT)和200 ns分子动力学模拟验证其与TNF-α结合的稳定性，MMPBSA能量计算证实相互作用自由能，为开发天然抗RA药物提供新思路。

　　

类风湿性关节炎(RA)作为一种危害骨骼健康的致命自身免疫疾病，其发病机制与吸烟、遗传变异及环境因素密切相关。研究团队运用蛋白互作网络(PPI)分析技术精准锁定肿瘤坏死因子-α(TNF-α)作为治疗靶点，通过大规模虚拟筛查从印度药用植物化学成分数据库(IMPPT)的17,967个化合物中淘金般发掘出明星分子Cassamedine。量子化学领域的密度泛函理论(DFT)如同分子世界的X光机，清晰解析了该先导化合物与TNF-α的相互作用模式。长达200纳秒的分子动力学模拟实验显示，这对分子搭档如同精密咬合的齿轮系统般稳定。分子力学/泊松-玻尔兹曼表面积(MM/PBSA)能量计算则像精准的天平，定量证实了二者结合的自由能优势。这项多学科交叉研究为开发源自天然产物的抗RA药物开辟了新航道。