荧光强度瞬变的贝叶斯统计分析:革新分子过程定量研究的新突破

【字体: 时间:2025年04月19日 来源:SCIENCE ADVANCES 11.7

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  在生命科学研究中,荧光相关光谱技术(FCS)虽常用,但存在需高激光强度、长采集时间及数据拟合假设存问题等弊端。研究人员开展荧光强度轨迹统计分析(FITSA)的研究,结果显示 FITSA 收敛更快、更稳定,且能以更短测量时间实现与 FCS 相当的精度,推动了分子过程定量分析。

  在微观的生命科学世界里,研究分子运动和相互作用就像在探索一个神秘的微观宇宙。荧光相关光谱技术(Fluorescence Correlation Spectroscopy,FCS)一直是研究分子在单分子水平,尤其是活细胞中运动和变化的重要工具。它通过记录小体积内荧光强度的瞬变变化,再利用共聚焦显微镜和自相关分析来揭示分子的扩散系数(Diffusion Coefficients,DCs)、浓度等信息,帮助科学家们了解细胞内环境的特性和细胞内过程的调控机制。
然而,FCS 就像一把双刃剑,虽然强大却有着明显的缺陷。一方面,它需要较高的激光强度和较长的采集时间,这无疑增加了对细胞的光毒性,就好比用强光长时间照射花朵,花朵也会受到伤害一样。另一方面,在数据拟合时,FCS 常常依赖一些有问题的统计假设,导致对模型参数的估计过于自信,使得判断拟合优度和比较不同复杂度模型变得困难,这就像戴着一副不准确的眼镜看东西,看到的结果可能与真实情况相差甚远。

为了解决这些问题,研究人员开展了荧光强度轨迹统计分析(Fluorescence Intensity Trace Statistical Analysis,FITSA)的研究。该研究成果发表在《SCIENCE ADVANCES》上,为分子过程的定量分析带来了新的曙光。

研究人员采用了多种关键技术方法。在数据处理方面,通过自适应信号分箱(adaptive signal binning)和子部分分割(subsection splitting)对荧光信号进行预处理,将信号分为不同的部分,以便分别分析背景发射和粒子起源的信号。在模型构建上,运用贝叶斯方法(Bayesian approach),假设粒子在三维空间中自由扩散,根据测量的荧光强度轨迹来估计粒子轨迹、扩散系数、分子亮度和背景发射率的后验分布。

在研究结果部分:

  • 方法整体描述:FITSA 通过识别高光子计数部分来区分信号成分,利用自适应分箱跟踪光子数量,根据信号分箱持续时间确定子部分边界,并选择种子点来估计粒子轨迹和扩散系数。这种方法可以有效分析粒子在共聚焦体积内的运动,还能跟踪粒子的进出。
  • 模拟数据演示:用合成荧光强度轨迹进行测试,FITSA 在分析短轨迹时,能快速收敛到真实的扩散系数值,且精度高。而传统 FCS 在拟合数据时存在过拟合问题,估计的扩散系数与真实值偏差较大。
  • 与替代贝叶斯拟合方法比较:与 Jazani 等人的方法相比,FITSA 收敛速度更快,对先验差异的鲁棒性更强。FITSA 使用哈密顿蒙特卡罗(Hamiltonian Monte Carlo)和无 U 型转弯采样器(No U-Turn Sampler,NUTS)算法,在较少的迭代次数内就能满足收敛标准,且能更准确地估计分子亮度。
  • 与 FCS 精度比较:通过对合成轨迹的分析,FITSA 在达到相同精度时,所需的光子数比考虑自相关函数(Autocorrelation Function,ACF)协方差的 FCS 少得多。例如,对于不同扩散系数的合成轨迹,FITSA 达到相对精度 10 时,所需光子数比 FCS 少 2 - 11 倍。
  • 实验数据演示:在多种实验条件下记录荧光轨迹进行分析,FITSA 在分析实验数据时,估计的扩散系数精度更高,变异性更小。在研究心肌细胞内的扩散系数时,FITSA 能从相对较短的瞬变中成功恢复扩散系数,且结果与 FCS 分析 60 秒轨迹的结果相似。

在结论和讨论部分,FITSA 相比传统 FCS 和早期基于贝叶斯方法的技术有显著优势。它能更快地收敛,更稳健地处理荧光强度轨迹,克服了 FCS 在统计分析中的困难。FITSA 将荧光轨迹视为较小部分的集合,通过自适应分箱和战略种子点选择,提高了采样效率和方法性能。虽然 FITSA 目前还存在一些局限性,如在处理多粒子模型时面临挑战,计算资源需求较大等,但随着模型的进一步优化和实验条件的改进,FITSA 有望成为研究分子事件的有力工具,为深入了解细胞内环境和分子相互作用提供更精确的信息,推动生命科学和健康医学领域的研究进展。
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