基于全基因组重测序的大白菜InDel与SNP标记开发及应用研究

为解决大白菜(Brassica rapa L.)育种中株高、莲座叶性状及抗病性等关键问题，研究人员通过55份中日韩种质资源的全基因组重测序，结合群体遗传进化分析与全基因组关联分析(GWAS)，鉴定出BrASD1、BrZHD13等株高相关候选基因，发现2个莲座叶直径SNP位点及1个抗霜霉病SNP位点，并开发出新型InDel标记SMB.4，为抗性育种提供分子工具。

　　大白菜(Brassica rapa L. syn. B. campestris L., AA, 2n=20)作为"U型作物三角带"中的重要绿叶蔬菜，其株高、莲座叶直径与色泽、抗病性一直是育种核心目标。研究团队对55份源自中、日、韩的种质开展全基因组重测序(whole-genome resequencing)，群体遗传分析揭示三国种质间无明显群体结构，暗示可能存在进化关联或杂交事件。通过全基因组关联分析(GWAS)锁定4个株高调控候选基因：BrASD1、BrZHD13、BrGH3.3和BrGH3.6，同时鉴定到2个调控莲座叶直径的单核苷酸多态性(SNP)位点及1个霜霉病(downy mildew)抗性相关SNP位点。创新性开发出位于A04染色体末端的插入缺失(InDel)标记SMB.4，该标记将成为筛选抗霜霉病种质及培育抗性芸薹属(Brassica)作物的高效分子工具。