定制靶向杂交捕获 RNA 测序在青少年和成人 B 系急性淋巴细胞白血病常规分子分型中的高效应用：一项真实世界研究的意义

《Molecular Diagnosis & Therapy》：Effective Utilization of a Customized Targeted Hybrid Capture RNA Sequencing in the Routine Molecular Categorization of Adolescent and Adult B-Lineage Acute Lymphoblastic Leukemia: A Real-World Experience

为解决全基因组加转录组测序因成本高无法用于 B 系急性淋巴细胞白血病（B-ALL）常规分子分型的问题，研究人员开展定制靶向杂交捕获 RNA 测序（RNAseq）用于 B-ALL 常规检测的研究。结果显示 RNAseq 能有效检测融合基因等，整合分析可辅助分子分型，该方法具有成本效益 。

　　近期，世界卫生组织（WHO）和国际共识分类在 B 系急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中引入了众多分子实体，这就需要通过检测基因融合、表达、突变和外显子缺失来进行全面的基因组特征分析。虽然全基因组加转录组测序是理想策略，但因其成本高昂，无法用于常规检测。本研究报告了一种经济高效的替代方法，即将定制的靶向杂交捕获 RNA 测序（RNAseq）整合到常规检测流程中。研究共分析了 95 例常见嵌合基因融合（CGF，如 BCR^::ABL₁、KMT2A^::AFF₁、TCF3^::PBX₁和 ETV6^::RUNX₁ ）阴性的青少年 / 成人 B-ALL 病例，使用定制的 69 基因靶向 RNAseq 检测板进行检测。研究中总共采用了三种融合检测流程、Trinity 癌症转录组分析工具包（CTAT）突变流程和 Toblerone 比对工具，并将结果与荧光原位杂交（FISH）/ 多重连接依赖探针扩增（MLPA）检测进行比较。结果显示，RNAseq 在 43% 的病例中检测到融合基因（包括 15.8% 的 BCR^::ABL₁样融合基因和 10.5% 的 IGH^::DUX₄融合基因），在检测隐匿性染色体内重排方面表现出色。在 30% 的病例中检测到体细胞变异（其中大鼠肉瘤（RAS）通路和 Janus 激酶（JAK）- 信号转导及转录激活因子（STAT）变异分别占 18% 和 5.3%），在 25% 的病例中检测到 IKZF₁缺失（与 MLPA 检测的一致性为 77%）。将靶向 RNAseq 和全面的生物信息学分析，与基于流式细胞术的倍性分析和基于 FISH 的 IGH 重排检测相结合，有助于对 79% 的常见 CGF 阴性 B-ALL 进行分类。BCR^::ABL₁/BCR^::ABL₁样组出现致病性 IKZF₁缺失的频率更高（50% 对比 21.7%；p = 0.011）、可测量残留病（92% 对比 51%；p = 0.009），总生存期也更差（8.6 个月对比 22.8 个月；p = 0.07）。通过全面的生物信息学分析有效利用 RNAseq 数据来检测融合基因、突变和缺失，仅需少量补充 FISH 检测，在找到更经济有效的单一检测方法前，这为 B-ALL 的分子特征分析提供了一个实用且经济高效的解决方案。