上海交大胥川团队提出并论证了mRNA m5C修饰的“分子错误”观点

【字体: 时间:2025年01月28日 来源:上海交大 新闻学术网

编辑推荐:

  近日,上海交通大学Bio-X研究院胥川团队在Molecular Biology and Evolution(IF=11)在线发表了研究论文“Most m5C modifications in mammalian mRNAs are nonadaptive”。该研究通过基于自然选择理论推导和RNA修饰组测序数据的分析,对m5C修饰存在的广泛性、进化保守性、以及功能性进行深入研究,用一系列证据论证了m5C...

  

近日,上海交通大学Bio-X研究院胥川团队在Molecular Biology and Evolution(IF=11)在线发表了研究论文“Most m5C modifications in mammalian mRNAs are nonadaptive”。该研究通过基于自然选择理论推导和RNA修饰组测序数据的分析,对m5C修饰存在的广泛性、进化保守性、以及功能性进行深入研究,用一系列证据论证了m5C修饰的“分子错误”假说。

250123胥川论文.jpg

RNA m5C修饰是指RNA中胞嘧啶碱基的第5位碳上添加一个甲基的现象。它是一种广泛存在的RNA修饰,在mRNA和非编码RNA中都有检测到。尽管已有部分报道称m5C修饰在调节一些生物过程中具有功能,但尚不清楚在mRNA上大多数观察到的m5C修饰是否具有功能。

为此,本研究分析了哺乳动物多个组织或发育阶段的mRNA修饰数据,通过对m5C位点和非甲基化的C位点的对比,发现:1) m5C修饰率在人和小鼠组织中分别低至0.006% 和 0.002%;2) m5C修饰率与C碱基数在各物种组织中均呈强负相关;3) 同一物种内大多数基因的m5C修饰率与C碱基数在组织间呈现负相关;4) 基因不同区域 (包括5'-UTR, CDS和3'-UTR) 的m5C修饰位点及其cis-elements都没有更高的保守性。5) 经过推测,超过80%的m5C修饰是非适应性的。这些发现表明mRNA m5C修饰大部分是非适应性的,主要应源自于修饰机器的错误运行,符合“分子错误”理论。此外,作者还提出和讨论了发掘适应性m5C修饰及其基因的新方法,也讨论了为什么分子错误可以存在的原因。

需要强调的是,本研究并不是说全部m5C修饰是非适应性的、没有功能的,而是说大部分m5C修饰是这样的。因此,该研究与目前发现的少数功能性m5C修饰的案例并不冲突,与认为m5C修饰可以具有功能的观点也不冲突。不仅如此,我们还可以利用“分子错误”的特征,去发掘适应性的功能性m5C修饰位点和基因。总而言之,m5C修饰的适应性和非适应性观点,二者相互补充,为m5C修饰的研究提供更加全面的知识。

上海交通大学Bio-X研究院博士生李徵为本论文第一作者,米凯参与了该研究。上海交通大学Bio-X研究院胥川博士为本文唯一通讯作者。

参考文献:

Li, Z., Mi, K., & Xu, C*. (2025). Most m5C modifications in mammalian mRNAs are nonadaptive. Molecular Biology and Evolution, msaf008.

论文链接https://doi.org/10.1093/molbev/msaf008

Bio-X研究院
Bio-X研究院

涓嬭浇瀹夋嵎浼︾數瀛愪功銆婇€氳繃缁嗚優浠h阿鎻ず鏂扮殑鑽墿闈剁偣銆嬫帰绱㈠浣曢€氳繃浠h阿鍒嗘瀽淇冭繘鎮ㄧ殑鑽墿鍙戠幇鐮旂┒

10x Genomics鏂板搧Visium HD 寮€鍚崟缁嗚優鍒嗚鲸鐜囩殑鍏ㄨ浆褰曠粍绌洪棿鍒嗘瀽锛�

娆㈣繋涓嬭浇Twist銆婁笉鏂彉鍖栫殑CRISPR绛涢€夋牸灞€銆嬬數瀛愪功

鍗曠粏鑳炴祴搴忓叆闂ㄥぇ璁插爞 - 娣卞叆浜嗚В浠庣涓€涓崟缁嗚優瀹為獙璁捐鍒版暟鎹川鎺т笌鍙鍖栬В鏋�

涓嬭浇銆婄粏鑳炲唴铔嬬櫧璐ㄤ簰浣滃垎鏋愭柟娉曠數瀛愪功銆�

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号