NIBS学者Nature子刊连发两篇文章：交联质谱技术新工具

　　

北京生命科学研究所董梦秋实验室与合作者近期在Nature Communications连续发表了两篇论文，不断提升基于质谱的蛋白质结构分析技术。

这两篇文章：“Improving mass spectrometry analysis of protein structures with arginine-selective chemical cross-linkers” 和 “A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides”，分别介绍了新型精氨酸特异性交联剂ArGO和精氨酸/赖氨酸双选择性交联剂KArGO的开发和应用；介绍了快速精准的新一代交联鉴定软件pLink 2以及完整、客观的软件评测方案。

董梦秋实验室一直致力于开发和完善交联质谱技术（英文全称Chemical cross-linking of proteins coupled with mass spectrometry, 简称CXMS或XL-MS）。CXMS利用化学交联剂将蛋白质或蛋白质复合体中空间距离足够接近的两个氨基酸通过共价键连接起来，酶切成肽段后用质谱鉴定出交联位点，从而获取低分辨度结构信息，帮助推断蛋白质在三维空间的折叠状态以及蛋白-蛋白相互作用的大致区域。

相比于晶体和冷冻电镜技术， CXMS对样品量和样品纯度要求低，可捕获蛋白质在溶液中的动态，并且具有简单、快速等优点。因此，CXMS在过去十年中得到了广泛应用，常常助力解析大型蛋白质复合体的精细结构，以及寻找蛋白与蛋白之间直接相互作用的区域。作为先行者和推动者，董梦秋实验室与计算科学、有机化学和蛋白质科学等领域的研究团队长期密切合作，全方位发展交联质谱技术，包括开发软件 (Yang B, Nat Meth 2012; Lu S, Nat Meth 2015)、交联剂 (Tan D, eLife 2016; Zhang X, Anal Chem 2018)、新的方法流程和应用 (Lu S, Nat Meth 2015; Gong Z, Biophys Rep 2015; Ding YH, Anal Chem 2016; Ding YH, J Biol Chem 2017)。

当前交联质谱技术的一个明显局限是过分依赖氨基特异性的NHS酯交联剂。此类交联剂主要靶向赖氨酸，得到的结构信息有限，对于缺少赖氨酸的蛋白或蛋白区段，这个缺陷尤其明显。因此，开发针对其他类型氨基酸的新型交联剂成为亟待解决的问题。

为了得到更丰富的结构信息，董梦秋实验室与北京大学雷晓光实验室合作开发了靶向精氨酸的交联剂。该系列交联剂在含有1-3个单体单元的聚乙二醇两端连接芳香基取代的乙二醛 (aromatic glyoxal)，称为 ArGO1-3。ArGO可以共价连接两个精氨酸的侧链胍基，具有良好的选择性，弥补了氨基交联剂的不足，但在不同蛋白样品上的表现参差不齐。为了改善性能和增加使用范围，作者将ArGO交联剂的一端换成了靶向赖氨酸的邻苯二甲醛，并将其命名为KArGO。

KArGO使蛋白质表面更多的氨基酸残基成为靶点，增加了结构覆盖度，在多个标准蛋白样品上均表现出稳定可靠的交联效果。作者进一步将KArGO应用在CNGP和UtpA等蛋白复合物的结构鉴定中，结果表明KArGO弥补了已有赖氨酸交联剂的不足，提供了丰富的互补结构信息。

CXMS的另一个关键环节是质谱数据分析。现有的交联肽段鉴定软件多达几十种。相同数据用不同软件分析得到的结果不尽相同，甚至差异巨大，因此交联质谱领域迫切需要一套客观、实用的软件评测方案。在7月30号发表的pLink 2文章中，董梦秋实验室协助中科院计算所贺思敏研究员领导的pFind团队建立了全面的评测体系，并对十种主流软件进行了评测和比较，其中包括2012年双方合作开发的pLink 1软件 (Yang B, Nat Meth 2012) 及其升级换代版pLink 2。pLink 2整合了pLink 1和蛋白质二硫键鉴定软件pLink-SS (Lu S, Nat Meth 2015) 的所有功能，从内核算法到图形界面都焕然一新。

在模拟数据集、合成肽段数据集、15N标记数据集和陷阱库方法等四种系统性评测实验中，pLink 2和pLink 1的灵敏度和准确度都位居前两名，远超其他软件。以模拟数据集（谱图几近完美）测试结果为例，pLink 1 和 pLink 2在5%假发现率条件下的灵敏度和准确度分别达到和超过99.8%。pLink 2还有非常明显的速度优势；在变化交联形式、数据规模和蛋白序列库规模的20组评测中，pLink 2比pLink 1平均快40倍，比灵敏度和准确度位居第三的Kojak软件平均快3倍。从2018年元旦免费公开发布到文章发表的一年多时间里，pLink 2软件已经拥有1000多名用户。世界七大洲中，除南极洲外，都有pLink 2用户。

原文标题：

Improving mass spectrometry analysis of protein structures with arginine-selective chemical cross-linkers

A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides