Bio-Rad推出高通量的单细胞ATAC-Seq方案

Bio-Rad公司近日宣布推出scATAC-Seq方案，也就是在单细胞水平上利用测序来分析染色质开放性。不久前，Bio-Rad和哈佛大学的科学家刚刚在《Nature Biotechnology》上证明了此方案的捕获效率和高灵敏度。

ATAC-Seq是通过改造后的Tn5转座酶介导，对染色质结构的开放区域进行捕获测序，仅需少量细胞便可获得全基因组的活性调控序列信息。scATAC-Seq为研究人员提供了一种工具，能够以单细胞分辨率绘制表观遗传学图谱，从而更深入地了解健康和疾病背后的分子机制。

此方案利用了Bio-Rad的ddSEQ单细胞分离器和微滴式数字化技术，将数千个细胞核或完整细胞分到单个纳升大小的液滴中，以便在ATAC测序前进行文库制备。利用scATAC-Seq方案，研究人员能够研究肿瘤异质性或鉴定血液中的稀有细胞。

以往的技术每次只能分析100个细胞，但Bio-Rad凭借其在微滴领域的专长，带来了一个高通量的解决方案。ddSEQ单细胞微滴制备技术每次可处理数千个细胞，每天可处理数万个细胞。

同时，细胞捕获效率高达95%。Bio-Rad数字生物学部门的全球营销总监Carolyn Reifsnyder表示：“有了高达95%的捕获效率，我们相信Bio-Rad提供了一种强大的工具，可帮助研究人员了解影响细胞分化和细胞命运的因素。”

scATAC-Seq方案是由Bio-Rad科学家与哈佛大学干细胞和再生医学系的Jason Buenrostro博士共同开发的。Buenrostro博士在2013年参与开发了ATAC-Seq技术，同时也是这篇新发表文章的共同通讯作者。

“微滴技术将作为一种现成的技术，供各个领域的生物医学研究人员使用，而我帮助它达到了这个阶段，我感到十分自豪，”Buenrostro说。这篇文章还介绍了一种新的条形码方法，让可分析的细胞数量增加了十倍或更多。

在这项研究中，Buenrostro博士带领的团队利用scATAC-Seq技术总共生成了50多万个细胞的染色质开放性图谱，这些细胞分别来自小鼠大脑、人类骨髓和血液。这也是迄今为止利用scATAC-Seq生成的最全面的小鼠脑细胞图谱。

除了Buenrostro的团队，其他用户也在试用scATAC-Seq方案。Resurgo Genetics的Debbie Goode表示：“我们需要在单细胞水平上全面分析细胞群，以便精确定义所有细胞类型并真正了解发育过程。这个解决方案让我们能够获得数千个细胞的调控全景图，从而将基因组学研究转化成一种更强大的工具。”（生物通 薄荷）

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相关文献

Droplet-based combinatorial indexing for massive-scale single-cell chromatin accessibility

Nature Biotechnology (2019)