混合文库vs.芯片文库，CRISPR筛选方法如何选择？

随着CRISPR-Cas9技术的出现，研究人员能够更轻松地开展功能基因组学筛选，从而更高效地研究基因与表型之间的关联。将精心设计的sgRNA与Cas9或衍生物相结合，CRISPR文库可以敲除、抑制或激活靶基因。

不过，为了高效地发挥这种技术的优势，我们在实验中应选择合适的方法。混合文库 vs. 芯片文库，到底哪一种更适合？

混合文库（Pooled CRISPR）

在混合筛选方法中，人们通过慢病毒转导将sgRNA表达载体库整合到哺乳动物细胞的基因组中。混合筛选开展起来比较轻松，也比较经济，不需要自动化的液体处理设备。它使用混合的文库筛选整个基因组，特别适合明显的表型。之后可通过新一代测序（NGS）来获取数据。

芯片文库（Arrayed CRISPR）

芯片筛选是在96孔或384孔板中开展的。每孔的细胞需要单独处理，通常要有自动化设备来辅助。这种筛选适合分析微妙的表型（混合筛选通常无能为力）和有限的基因，以及原代细胞和神经细胞的分析，不过缺点是通量有限，价格不菲，对操作人员要求 比较高。

CRISPR筛选的类型

其他考虑因素

▪ 筛选时使用的是原代细胞还是细胞系
▪ 每个基因所用的sgRNA数量
▪ sgRNA文库适用的物种
▪ 筛选时需要用到的技术，如NGS、PCR和电穿孔设备

此外，近期多个研究小组将芯片筛选和混合筛选的优势相结合，为人们带来了第三种选择。目前问世的技术包括CROP-seq、CRISP-seq和Perturb-seq。

它们利用CRISPR-Cas9系统在单个样品中平行生成数千个基因扰动。之后利用单细胞RNA-Seq，同时测定每个细胞的扰动和表型。这些新方法将丰富的表型信息与每个特定扰动相关联，实现了大规模的单细胞转录谱分析。（生物通 薄荷）